应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » CPMD/CP2K » 【讨论】QM/MM模拟
71/1返回列表
查看: 1461  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

xiaosy567

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】QM/MM模拟

请问大家做QM/MM模拟的时候，都采用什么方法？
是用Gaussian还是CPMD，还是其它？
ＭＭ又是采用什么软件？

我是CPMDer，请问，如果采用CPMD自带QM/MM interface的话，怎么样才能调用gromacs做QMMM计算？
如果有这方面经验，请不吝赐教。。谢谢。。。

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 20:04 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2009-06-12 11:37:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zeoliters

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
mingdong(金币+2,VIP+0):谢谢！ 6-13 06:25
这是一个很好的想法。Gaussian里面有一个ONIOM可以做QM/MM的，但是计算结果表明QM部分对cluster的大小十分敏感，所以选的时候得非常小心，要不然连定性都是错的。

没有用过CPMD做QM/MM,期待高手。。。
赞一下(11人) 回复此楼
2楼2009-06-12 18:57:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

428616

★
mingdong(金币+1,VIP+0):感谢交流！ 7-11 23:29
使用amber
回复此楼
3楼2009-07-08 22:20:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaosy567

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 428616 at 2009-7-8 22:20:
使用amber

请问Amber是不是经过改写了？
另外请问你是否做过啊？
我们讨论下可否？
QQ：54103592
赞一下 回复此楼
4楼2009-07-09 15:16:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Joannaouc

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-16 14:24
自己没做过，我们实验室的是用amber作MM，gaussian做QM
赞一下(11人) 回复此楼
5楼2009-12-11 19:39:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

recoli

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-16 14:24
CPMD-GROMACS QM/MM
http://www.tougaloo.edu/research/qmmm/
google搜索“cpmd gromacs”第一个结果

CPMD自带GROMOS接口，不能直接与gromacs做QM/MM。上面网站提供修改了的gromacs与cpmd3.11.1做QM/MM。
赞一下(11人) 回复此楼
6楼2009-12-12 08:46:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaosy567

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by recoli at 2009-12-12 08:46:
CPMD-GROMACS QM/MM
http://www.tougaloo.edu/research/qmmm/
google搜索“cpmd gromacs”第一个结果

CPMD自带GROMOS接口，不能直接与gromacs做QM/MM。上面网站提供修改了的gromacs与cpmd3.11.1做 ...

是的。我试过这个程序。

但是他是gromacs drivened
赞一下 回复此楼
7楼2009-12-12 21:49:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xiaosy567 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 01:27 by 9i7PCSZyMzot
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 01:27 by 9i7PCSZyMzot
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 01:15 by 9i7PCSZyMzot
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 01:15 by 9i7PCSZyMzot
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 01:03 by 9i7PCSZyMzot
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 00:51 by 9i7PCSZyMzot
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 3/150 2026-09-20 00:15 by 9i7PCSZyMzot
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 3/150 2026-09-20 00:03 by 9i7PCSZyMzot
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-20 00:03 by 9i7PCSZyMzot
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:51 by 9i7PCSZyMzot
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:39 by 9i7PCSZyMzot
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:27 by 9i7PCSZyMzot
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:27 by 9i7PCSZyMzot
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:03 by 9i7PCSZyMzot
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:03 by 9i7PCSZyMzot
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-18 7/350 2026-09-19 21:03 by 9i7PCSZyMzot
[基金申请] 国社科系统bug了，是不是要放榜了？ +7 kynobel 2026-09-16 9/450 2026-09-19 14:52 by 接好运婷
[有机交流] 各位大神，目前国内有哪些比较好用的逆合成软件？ 20+3 zapen 2026-09-15 9/450 2026-09-18 18:17 by zapen
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组｜2027级博士研究生招生公告 +7 水士口 2026-09-16 8/400 2026-09-16 13:47 by kkklens
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组招收博士研究生 +8 两三岁ss 2026-09-14 8/400 2026-09-16 09:46 by 水士口
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭