| 查看: 4469 | 回复: 12 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
gromacs示例求助 已有1人参与
|
||
|
如题，gromacs中文教程初学者，做溶菌酶那个到nvt平衡那一步产生tpr文件时老是出错，具体如下，求大佬指点一下，，， Command line: gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -o nvt.tpr Ignoring obsolete mdp entry 'title' Setting the LD random seed to 1818880411 Generated 330891 of the 330891 non-bonded parameter combinations Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5 Generated 330891 of the 330891 1-4 parameter combinations Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'Protein_chain_A' turning all bonds into constraints... Excluding 2 bonded neighbours molecule type 'SOL' turning all bonds into constraints... Excluding 2 bonded neighbours molecule type 'SOL' Excluding 1 bonded neighbours molecule type 'CL' turning all bonds into constraints... Setting gen_seed to -691171019 Velocities were taken from a Maxwell distribution at 300 K Removing all charge groups because cutoff-scheme=Verlet ------------------------------------------------------- Program: gmx grompp, version 2018.1 Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/grompp.cpp (line 2008) Fatal error: Cannot find position restraint file restraint.gro (option -r). From GROMACS-2018, you need to specify the position restraint coordinate files explicitly to avoid mistakes, although you can still use the same file as you specify for the -c option. For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors |
回复此楼» 猜你喜欢
考研调剂
已经有3人回复
-
317分 一志愿南理工材料工程 本科湖工大 求调剂
已经有9人回复
-
297求调剂
已经有10人回复
-
一志愿武汉理工，总分321，英一数二，求老师收留。
已经有10人回复
-
343求调剂
已经有5人回复
-
085601材料工程找调剂
已经有7人回复
-
求调剂，一志愿 南京航空航天大学 ，080500材料科学与工程学硕，总分289分
已经有6人回复
-
一志愿南航 335分 | 0856 | GPA 4.07 | 有科研经历
已经有5人回复
-
340求调剂
已经有5人回复
-
一志愿北化求调剂
已经有4人回复
5楼2020-01-02 20:45:05
112233ssg
新虫 (著名写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 5276.3
- 散金: 1270
- 红花: 6
- 沙发: 2
- 帖子: 2121
- 在线: 114.9小时
- 虫号: 6691487
- 注册: 2017-06-05
- 性别: GG
- 专业: 无机非金属基复合材料
2楼2019-12-24 11:37:19
|
本帖内容被屏蔽 |
4楼2020-01-02 14:23:59
|
本帖内容被屏蔽 |
6楼2020-01-03 16:00:36
