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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 加H不合理
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灯泡3204

木虫 (著名写手)

[求助] 加H不合理 已有2人参与

checkcif时发现A类错误，Short Inter D-H..H-X           H2’ ..H7 . 1.38 Ang.
2-x,1/2+y,-z = 2_755 Check

其中H2'是氧上的活泼H，H7为C上的H,重新加H，以及限制键长都没有解决，请专家高手给与指导，谢谢！

lst文件中未显示有无序，但是某些原子椭球率比较高，
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1楼 2019-12-05 11:33:59
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灯泡3204

木虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 灯泡3204 at 2019-12-06 08:29:49
我看了下提示，好像说是出现了 di-hydrogen bond，是不是需要象处理氢键一样HTAB一下，但没搞懂是作为分子内氢键处理还是分子间氢键处理呢...

PLAT415_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-X       H1'A     ..H6       .       1.75 Ang.  
                                               2-x,1/2+y,-z  =      2_755 Check
PLAT415_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-X       H3'      ..H5       .       1.39 Ang.  
                                                  1+x,1+y,z  =      1_665 Check
我先按分子间氢键处理一下
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10楼2019-12-06 08:32:06
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HDJ_Tokyo

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
两个氢原子距离太近，限制远离一下就好了
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灯泡3204
微信公众号：Tokyo。B站Up主：DJ_Tokyo。知乎：Tokyo。
2楼2019-12-05 12:51:44
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灯泡3204

木虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by HDJ_Tokyo at 2019-12-05 12:51:44
两个氢原子距离太近，限制远离一下就好了

如何限制啊，用什么命令呢？我刚刚算入门
赞一下 回复此楼
3楼2019-12-05 13:43:10
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HDJ_Tokyo

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 灯泡3204 at 2019-12-05 13:43:10
如何限制啊，用什么命令呢？我刚刚算入门...

dfix限制两个氢原子的距离
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微信公众号：Tokyo。B站Up主：DJ_Tokyo。知乎：Tokyo。
4楼2019-12-05 16:13:07
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