应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 学术交流区 » 论文投稿 » 投稿求助 » 转录组文章分析方法部分求助
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
291/1返回列表
查看: 704  |  回复: 28
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

董红红

版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
已领完
转录组文章分析方法部分求助
领取红包 (小木虫手机app专属红包)

扫一扫，下载小木虫客户端

我最近投了一篇转录组的文章，编辑说我数据分析有问题。编辑的原话如下： the manuscript contains a major technical error in the analysis of the RNA-seq data and I agree with him on this point. The methods section indicates that raw reads were transformed into FPKM values prior to the identification of differentially expressed genes using DESeq2. However, DESeq2 should be used with raw counts (discrete data) and not with FPKM-transfomed values (continuous data).
下面是我在文章中的原文写法。 2.5Identification of DEGs
FeatureCounts v1.5.0-p3 was employed to count the numbers of reads mapped to each gene (Liao et al., 2014). Then, the fragments per kilo base of transcript per million reads (FPKM) method was used to normalize all data (Mortazavi et al., 2008). Differential expression analysis was carried out using the DESeq2 R package (1.16.1). The P-values were adjusted using the Benjamini and Hochberg’s approach to control false discovery rate (FDR) (Kim and van de Wiel, 2008). Genes with an adjusted P-value < 0.05 (Padj< 0.05) and the absolute value of Foldchange ≥ 1 obtained from DESeq2 were designated as DGEs.
有懂得的大神可以帮忙看看是哪里有问题吗，不甚感激

发自小木虫IOS客户端
回复此楼

» 猜你喜欢

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2019-11-30 11:36:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
名字就是你2楼
2019-11-30 11:37   回复  
董红红(金币+5): 谢谢参与
已获得5个金币 发自小木虫Android客户端
yha哈哈3楼
2019-11-30 11:38   回复  
董红红(金币+5): 谢谢参与
已获得5个金币 发自小木虫IOS客户端
21190890334楼
2019-11-30 11:38   回复  
董红红(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫Android客户端
haloing5楼
2019-11-30 11:38   回复  
董红红(金币+3): 谢谢参与
已获得3个金币 发自小木虫Android客户端
瞳xiao瞳er6楼
2019-11-30 11:38   回复  
董红红(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫Android客户端
CL2014化生7楼
2019-11-30 11:38   回复  
董红红(金币+2): 谢谢参与
已获得2个金币 发自小木虫Android客户端
翩翩君子8楼
2019-11-30 11:39   回复  
董红红(金币+5): 谢谢参与
已获得5个金币 发自小木虫Android客户端
luo8904259楼
2019-11-30 11:39   回复  
董红红(金币+5): 谢谢参与
已获得5个金币 发自小木虫Android客户端
bogubird10楼
2019-11-30 11:39   回复  
董红红(金币+4): 谢谢参与
已获得4个金币 发自小木虫Android客户端
叮铛铛11楼
2019-11-30 11:39   回复  
董红红(金币+3): 谢谢参与
已获得3个金币 发自小木虫Android客户端
tzynew12楼
2019-11-30 11:39   回复  
董红红(金币+5): 谢谢参与
已获得5个金币 发自小木虫Android客户端
vtchen13楼
2019-11-30 11:39   回复  
董红红(金币+5): 谢谢参与
已获得5个金币 发自小木虫Android客户端
MTXSCI114楼
2019-11-30 11:39   回复  
董红红(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫Android客户端
雷达不好吃15楼
2019-11-30 11:39   回复  
董红红(金币+5): 谢谢参与
已获得5个金币 发自小木虫Android客户端
lyc95111816楼
2019-11-30 11:40   回复  
董红红(金币+2): 谢谢参与
已获得2个金币 发自小木虫IOS客户端
街角喝咖啡★17楼
2019-11-30 11:40   回复  
董红红(金币+2): 谢谢参与
已获得2个金币 发自小木虫Android客户端
若辰201818楼
2019-11-30 11:40   回复  
董红红(金币+4): 谢谢参与
已获得4个金币 发自小木虫IOS客户端
158068506719楼
2019-11-30 11:40   回复  
董红红(金币+2): 谢谢参与
已获得2个金币 发自小木虫Android客户端
choujiaoqi20楼
2019-11-30 11:40   回复  
董红红(金币+4): 谢谢参与
已获得4个金币 发自小木虫Android客户端
Merirocracy21楼
2019-11-30 11:41   回复  
董红红(金币+3): 谢谢参与
已获得3个金币 发自小木虫IOS客户端
红配绿22楼
2019-11-30 11:42   回复  
董红红(金币+4): 谢谢参与
已获得4个金币 发自小木虫Android客户端
gaohe110823楼
2019-11-30 11:42   回复  
董红红(金币+4): 谢谢参与
已获得4个金币 发自小木虫IOS客户端
《常》来常往24楼
2019-11-30 11:43   回复  
董红红(金币+3): 谢谢参与
已获得3个金币 发自小木虫Android客户端
彤彤彤No125楼
2019-11-30 11:44   回复  
董红红(金币+5): 谢谢参与
已获得5个金币 发自小木虫Android客户端
siegzu6626楼
2019-11-30 11:45   回复  
董红红(金币+4): 谢谢参与
已获得4个金币 发自小木虫Android客户端
柳梦梅27楼
2019-11-30 11:45   回复  
董红红(金币+5): 谢谢参与
已获得5个金币 发自小木虫Android客户端
wff229828楼
2019-11-30 11:45   回复  
董红红(金币+5): 谢谢参与
已获得5个金币 发自小木虫Android客户端
anderw29楼
2019-11-30 11:45   回复  
董红红(金币+3): 谢谢参与
已获得3个金币 发自小木虫Android客户端
相关版块跳转 我要订阅楼主 董红红 的主题更新
291/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 304求调剂 +12 素年祭语 2026-03-31 15/750 2026-04-01 22:41 by peike
[考研] 271求调剂 +14 勒布朗@ 2026-03-31 18/900 2026-04-01 22:34 by 勒布朗@
[考研] 材料调剂 +11 一样YWY 2026-03-31 11/550 2026-04-01 22:25 by zhouyuwinner
[考研] 805600专硕材料与化工348分求调剂 +4 上学啦！ 2026-04-01 4/200 2026-04-01 21:10 by lijunpoly
[考研] 材料调剂 +14 一样YWY 2026-04-01 14/700 2026-04-01 21:07 by lijunpoly
[考研] 材料调剂 +8 一样YWY 2026-04-01 8/400 2026-04-01 20:07 by jp9609
[考研] 英一数二生物信息学287分，本科生物科学，求调剂 +3 碧水xyz 2026-03-29 4/200 2026-04-01 15:35 by plum
[考研] 材料专业求调剂 +7 月月鸟木 2026-04-01 7/350 2026-04-01 11:36 by wangjy2002
[考研] 086000生物与医药298调剂求助 +4 元元青青 2026-03-31 6/300 2026-04-01 11:13 by syh9288
[硕博家园] 博一被送出联培感觉不适应怎么办 +3 全村的狗 2026-03-31 3/150 2026-04-01 10:44 by 328838485
[考研] 322求调剂 +8 三水sss 2026-04-01 8/400 2026-04-01 10:19 by 唐沐儿
[考研] 322求调剂：一志愿湖南大学 材料与化工（085600），已过六级。 +10 XX小邓 2026-03-29 10/500 2026-03-31 16:46 by 不吃魚的貓
[考研] 085404 22408 315分 +5 zhuangyan123 2026-03-31 6/300 2026-03-31 13:48 by limeifeng
[考研] 调剂求院校招收 +7 鹤鲸鸽 2026-03-28 7/350 2026-03-31 11:21 by oooqiao
[考博] 材料专业申博 +5 杜雨婷dyt 2026-03-29 5/250 2026-03-31 11:19 by oooqiao
[考研] 085600材料与化工调剂 +16 kikiki7 2026-03-30 16/800 2026-03-31 10:03 by 氯化亚硝酰
[考研] 083000学硕274求调剂 +12 Li李鱼 2026-03-26 12/600 2026-03-31 10:01 by cal0306
[考研] 370求调剂 +3 080700调剂 2026-03-30 3/150 2026-03-31 01:09 by A_Zhe
[考研] 291求调剂 +5 Y-cap 2026-03-29 6/300 2026-03-29 13:18 by mumin1990
[考研] 本科双非材料，跨考一志愿华电085801电气，283求调剂，任何专业都可以 +6 芝士雪baoo 2026-03-28 8/400 2026-03-29 08:16 by 松花缸1201
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭