| 查看: 13 | 回复: 0 | |||
| 【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 君录生物 的 5 个金币 ，回帖就立即获得 1 个金币，每人有 1 次机会 | |||
君录生物新虫 (初入文坛)
|
[交流]
1亿细胞免疫数据集启动建设：多模态与时间序列为何更值得关注？
|
||
|
▍事件速览 2026年10月29日，Parse Biosciences与Nomic Bio宣布共同建设Cascade多模态免疫数据集。项目计划以12名健康供体的PBMC为基础，在三个时间点实施300多种受控扰动，联合测量单细胞转录组与定量分泌蛋白组，最终形成1亿个单细胞RNA表达谱、11,500多个分泌组图谱和超过15万次单细胞扰动测量。数据生成目前仍在进行，未来将以授权方式提供。其意义不只在细胞数量，而在于把供体、扰动、时间、细胞状态和细胞外信号放进同一实验框架，为免疫AI模型训练与评测提供更结构化的数据底座。 ▍关键信息 项目名称：Cascade。 项目主体：Parse Biosciences负责通过GigaLab开展大规模单细胞RNA测序；Nomic Bio通过Omni 1000平台开展定量分泌蛋白组测量。 样本体系：12名健康供体（6名女性、6名男性）的外周血单个核细胞（PBMC），覆盖14种以上免疫细胞类型。 扰动设计：每名供体、每个时间点设置300多种受控扰动条件，包括细胞因子、趋化因子、小分子药物、T细胞与先天免疫激活剂等单独或组合扰动。 时间维度：3个采样时间点（扰动后4、8和24小时），用于区分早期、短暂与延迟反应。 数据规模：计划生成1亿个单细胞RNA表达谱、11,500多个定量分泌组图谱、约1,220万次蛋白测量，以及超过15万次单细胞RNA扰动测量。 参与伙伴：官方已公布GSK、Pfizer、Sanofi、Graph Therapeutics和Turbine等基础合作方。 ▍为什么不只是“又一个大数据集” 1、同一实验框架连接RNA与细胞外蛋白信号 转录组反映细胞内部状态，分泌蛋白则直接参与细胞间通讯和免疫调节。Cascade按供体、扰动和时间匹配两类测量，有助于研究“转录变化是否会转化为下游分泌反应”，而不是把不同研究中的RNA与蛋白数据事后拼接。 2、时间维度用于区分早期、短暂和延迟反应 单一终点可能把不同动力学过程压缩成同一个结果。4、8和24小时的设计有机会捕捉早期信号、短暂反应与延迟分泌，为动态模型和干预时序研究提供信息。 3、受控扰动比单纯观察数据更接近模型评测需求 模型不仅要描述已有细胞状态，还要预测在未见供体、未见扰动或组合条件下会发生什么。结构化扰动数据可以用于训练，也可以通过留出供体、扰动和时间点检验泛化能力。 4、跨供体设计让个体差异进入数据结构 12名供体不足以代表完整人群，但比单一供体或单一细胞系多了一层个体差异。模型是否能跨供体保持预测性能，将成为这类数据集的重要价值之一。 ▍潜在应用 - 免疫AI模型训练：学习细胞状态、分泌信号、扰动和时间之间的关系。 - 模型评测：留出供体、单一或组合扰动，测试模型面对未见生物环境时的泛化能力。 - 靶点与机制研究：寻找哪些细胞状态变化与下游细胞因子或蛋白释放相联系。 - 药物反应研究：比较不同免疫调节条件下的早期和延迟反应，为候选机制提供优先级。 - 数据扩展：以健康免疫反应为参照，后续向疾病样本、新供体和其他实验体系扩展。 ▍仍需注意的边界 - 项目尚未完成：目前公布的是建设计划与设计参数，尚无完整数据、模型基准或同行评议结果可供检验。 - 细胞多不等于供体多：1亿个细胞来自12名健康供体。细胞数量可以提高状态覆盖和测量精度，但不能替代更广泛的人群、疾病和遗传背景。 - 健康PBMC不等于疾病微环境：外周免疫反应不能直接代表肿瘤、心血管组织、脑组织或慢性疾病局部微环境。 - 分泌组不是完整蛋白组：项目重点测量细胞外分泌蛋白，不能替代细胞内蛋白、磷酸化和空间定位等信息。 - 授权数据的可访问性有限：商业授权有助于持续建设，但价格、使用条款和可重复研究条件将影响学术界与中小团队的实际使用。 ▍君录视角 · 行业动态 行业信号：AI生物学的数据竞争正在从“堆更多细胞”转向“设计更适合训练与评测的实验”。同一供体、同一扰动框架下的多模态和时间序列数据，比来源分散、终点不一的数据拼接更容易回答模型是否学到可泛化规律。 模型评测价值：Cascade最值得关注的不是1亿这个数字，而是能否建立严格的留出供体、留出扰动和跨模态预测任务。如果只用于训练而没有独立测试设计，规模本身仍不能证明模型具有真实预测能力。 对专病研究的启示：健康PBMC可以构成通用免疫参考，但心血管、肿瘤或神经疾病仍需要疾病组织、临床表型和专病干预数据。公共或商业通用底座解决广度，专病数据库与机制验证解决相关性和转化深度，两者并不替代。 ▍延伸阅读 Nomic Bio. Nomic and Parse Build a Multimodal, Time-Resolved Dataset for AI Models of Immune Response（https://www.nomic.bio/resources/ ... -of-immune-response），2026年10月29日。 ▍关于君录 君录生物 · 以数据驱动创新药早期开发 自建心血管专病数据基座HeCellAstra 和生信分析平台IntelliCytoPilot 做靶点发现与药物管线早期资产 合作 · 投资 · 学术交流 |
回复此楼» 猜你喜欢
苯并呋咱全解析：NBD 荧光衍生化试剂母核的化学特性与实验室应用
已经有0人回复
-
生物质炭与活化剂氢氧化钾混合注意事项
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有69人回复
-
科研人必读：新一代 KRAS G12C 抑制剂 Olomorasib 的研究进展
已经有0人回复
-
BT-11（Omilancor）研究化合物全解析：从分子结构到实验应用要点
已经有0人回复
-
富马酸贝达喹啉：二芳基喹啉类工具化合物的化学特征
已经有0人回复
-
BT投稿with editor状态快两周了，正常吗
已经有25人回复
-
Silevertinib（BDTX-1535）结构拆解：炔基双环片段为何成为合成瓶颈
已经有0人回复
-
RO4929097 解析：双苯并氮杂䓬骨架与 Notch 通路实验设计要点
已经有0人回复
-
分子量 1157 的 PROTAC 怎么配不析出：SGK3-PROTAC1 的溶解、分装与图谱复核
已经有0人回复
-
logP 6.1 的羧酸怎么配母液：GSK 650394 的溶解窗口与稀释顺序
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
27博士申请
+1/181
-
大连理工大学化工学院郑跃楠副教授计划招收2027级博士研究生
+1/176
-
汕头大学博士后招聘启事----激光熔覆、摩擦磨损
+5/140
-
科研涂膜制样 HK‑5000AZ 真空型实验室小型涂布试验机｜线棒 / 刮刀双模式
+1/94
-
招收2027级 博士生（湘潭大学 非均相催化 相关方向）
+1/90
-
山东省寄生虫病防治研究所尹昆课题组招收2027级博士研究生
+1/87
-
慢蹲一个与子偕老的爱人
+1/46
-
海南大学化学化工学院姜忠义膜科学与膜技术团队2027年第一批博士招生
+1/41
-
慢蹲一个与子偕老的爱人
+1/36
-
哈尔滨工程大学 · 先进核动力装置课题组 · 2027年博士招生
+1/21
-
上海知名药企招聘一位知识产权副总监/总监
+1/16
-
先寻求丙烯酸胶水开发合作伙伴
+1/13
-
欢迎报考北师大（珠海）余雯教授团队环境科学学术学位博士研究生
+1/12
-
西南交通大学李义兵课题组博士及青年英才招聘
+1/7
-
中科院大连化物所张涛院士团队诚聘优秀博士后人才
+1/7
-
各类型分子筛定制加工，技术方案
+1/6
-
您感兴趣的遗传病是哪些？您认为产前诊断在阻断遗传病传递作用有多大？
+1/4
-
欢迎报考香港城市大学化学系博士课程 (HKPFS/常规PhD)
+1/4
-
中科院东莞材料所新能源材料研究部招聘研究员/副研究员（中央事业编制）
+1/1
-
吉林大学闫旭教授（国家级青年人才）招收2027级博士研究生
+1/1
