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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 对植物内生真菌进行鉴定，构建系统发育树时自己的序列被独立在外面
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liu123t

金虫 (初入文坛)

[求助] 对植物内生真菌进行鉴定，构建系统发育树时自己的序列被独立在外面已有1人参与

想对一株分离出的植物内生真菌进行鉴定，使用ITS1和ITS4引物扩增rDNA，送公司测序后对测序结果在NCBI上进行BLAST比对，直接选择一致性最高的50个序列进行序列比对分析构建系统发育树，结果发现在做出的树中自己的基因序列总是被独立在外面，作为一个外类群出现，这是什么原因？
附图：BLAST结果和构建出的系统进化树

对植物内生真菌进行鉴定，构建系统发育树时自己的序列被独立在外面
BLAST结果


对植物内生真菌进行鉴定，构建系统发育树时自己的序列被独立在外面-1
系统进化树
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1楼2019-11-29 01:20:07
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liu123t

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 皮皮虾111 at 2019-11-29 09:59:50
我也是，我的是细菌16s rRNA在ncbi上BLAST后下载得分最高的十多条序列比对后建树，情况和你一样，也在找原因

恩，我也在想这个，有进展了麻烦分享一下啊~
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2019-11-29 15:25:44
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liu123t

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 皮皮虾111 at 2019-11-29 09:59:50
我也是，我的是细菌16s rRNA在ncbi上BLAST后下载得分最高的十多条序列比对后建树，情况和你一样，也在找原因

http://muchong.com/t-13646868-1
这个帖子也是关于这个问题的，你可以看一下
赞一下 回复此楼
4楼2019-12-01 14:48:29
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liu123t

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 王屋2222 at 2019-12-05 14:08:42
找你鉴定的菌株的模式菌株，找一些不同属的、种的来建立进化树

因为不知道所要鉴定的菌株是什么属的菌，所以没法找到该菌的模式菌株……
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2019-12-05 19:45:56
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