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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » VMD怎样建立两个磷脂双分子层
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Yolanda9288

新虫 (小有名气)

[交流] VMD怎样建立两个磷脂双分子层

就是怎样创建两层脂质膜，叠在一起，membrane插件只能建一层，望大神指导

发自小木虫Android客户端
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1楼 2019-11-28 10:31:52
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
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太简单了，VMD 建一层，再建一层，移动到你制定的位置就行了啊
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Yolanda9288
2楼2019-11-28 12:30:00
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Yolanda9288

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2019-11-28 12:30:00
太简单了，VMD 建一层，再建一层，移动到你制定的位置就行了啊

谢谢，根据你的提示，我建了两层膜，移动到指定位置后，需要合并两个pdb，根据小木虫上的帖子修改segname：
mol new popc.pdb
mol addfile popc.psf
set allsel [atomselect top all]
$allsel set segname NEW
$allsel writepdb popc-2.pdb
$allsel writepsf popc-2.psf
然后再合并
package require psfgen
resetpsf
readpsf popc.psf
coordpdb popc.pdb
readpsf popc-2.psf
coordpdb popc-2.pdb
writepsf popc_dw.psf
writepdb popc_dw.pdb
老是报错：
Unable to add (duplicate?) residue NEW:1
是不是修改segname出错了？？查了半天，也没找到方法，望大神再耐心指导一下，本人刚接触NAMD，毫无头绪
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3楼2019-12-03 10:31:11
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pl931

禁虫 (小有名气)
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4楼2019-12-31 16:19:34
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pl983

禁虫 (小有名气)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
5楼2020-01-02 17:23:22
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by Yolanda9288 at 2019-12-03 10:31:11
谢谢，根据你的提示，我建了两层膜，移动到指定位置后，需要合并两个pdb，根据小木虫上的帖子修改segname：
mol new popc.pdb
mol addfile popc.psf
set allsel
$allsel set segname NEW
$allsel writepdb p ...

把开头的两个命令改成这个：
mol  load psf popc.psf pdb popc.pdb
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6楼2020-01-02 19:35:22
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pl914

禁虫 (小有名气)
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7楼2020-01-04 11:18:25
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pl959

禁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
8楼2020-01-06 16:57:55
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