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cenxueer木虫 (正式写手)
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求助：高斯计算一般顺序是什么？已有1人参与
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文献中的计算方法如下：“反应物、产物、中间体和过渡态的结构优化、频率和零点能计算部分采用６－３１＋Ｇ（ｄ，ｐ）基组，单点能计算采用更准确的基组６－３１１＋Ｇ（３ｄｆ，2p）。全部过渡态的内禀反应坐标计算采用的基组和优化采用的基组一致。基于同样的计算水平，水为溶剂选取ＳＭＤ溶剂模型考虑了溶剂效应。” 求助一下，此计算过程中的“结构优化、频率，零点能计算，过渡态的内禀反应坐标计算，溶剂效应”的计算先后顺序是什么？  Snipaste_2019-11-26_21-45-51.png |
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+5 2019-11-27 09:35:56
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zhou2009: 金币+5 2019-11-27 09:35:56
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首先溶剂模型需要要从一开始就加在计算里。因为溶剂模型加或者不加优化后的结构不一样。所以如果要用溶剂模型最好所有计算都带上溶剂模型。 高斯用的隐式溶剂模型 就是多几个关键词的事情。 第一步就是用便宜的方法对于所有中间体和过渡态计算 结构优化 频率计算 零点能校正 这几个是同时得到的 关键词就是 opt freq 之后文献里所谓的更准确基组什么的 就是在优化好的结构上再用这个准确基组算一次单点能。 当你得到了优化过的TS结构 为了验证这个结构是否在你想要的反应路径上 就需要做IRC计算也就是所谓的 过渡态的内禀反应坐标计算。 |
cenxueer2楼2019-11-27 01:04:06
cenxueer
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3楼2019-11-27 09:42:42
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6楼2019-11-27 16:17:01
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【答案】应助回帖
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不知道你总提到link0部分是为什么 。 link0 部分没有什么关键词需要总是进行修改。一般就是 %nproc %mem %chk 这是最常用的三个link0 部分的设置 除了 %chk 需要每个任务根据需要改动 其它基本都不需要改的。 而#之后那些部分比如 计算的方法 计算的类型 就已经不是link0部分了。而这些才属于常常要修改的关键词部分。 单点能计算就是用优化好的结构，另存一个gjf文件。 保持这个结构不变 用别的计算方法来计算单点能。 寻找过渡态如果文献没有给 就需要自己来推测结构 。 然后优化过渡态结构。 优化过渡态的比较常用的相关关键词是 opt(ts,calcfc,noeigentest) |
4楼2019-11-27 12:39:25
cenxueer
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5楼2019-11-27 15:50:16
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7楼2019-11-27 20:59:04
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8楼2019-11-28 11:42:05
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首先 编辑高斯的输入文件 最正统的做法使用文本编辑器 直接打上这些命令。就像截图里的这些。而不是用gview生成。gview只是给初学者用能点点鼠标就能自动帮你生成一些语句 但是如果想精确地跟着教程来算东西 那就自己用文本编辑器来写整个的输入文件。同理 既然是自己来写输入文件就没有了 gview那种窗口操作界面的限制 自己想加什么关键词就加什么关键词。并不是大多数高斯任务只包括2 3 4部分 而是连link0 一起都要写上的。 而如果是多任务计算在每两个任务之间要加上--link1-- 语句。 比如以下就是我曾经算过的一个小分子的输入文件，关键词啥的不重要。这就是给你个思路 这种类型的输入文件就不是用givew生成的 而是我自己文本编辑器里编辑好 存成后缀为 .gjf 格式之后就可以提交了 不需要经过gview来生成的。 %nprocshared=48 %mem=60GB %chk=test_opt_fries_monob3.chk # opt b3lyp/6-31g(d) scrf=(smd,solvent=n,n-DiMethylFormamide) EmpiricalDispersion=gd3 scf=xqc td_sp 0 1 C 0.44512656 -4.00013787 -1.51035017 C 1.84028656 -4.00013787 -1.51035017 C 2.53782456 -2.79238687 -1.51035017 C 1.84017056 -1.58387787 -1.51154917 C 0.44534556 -1.58395587 -1.51202817 C -0.25225544 -2.79216187 -1.51103217 H -0.10463244 -4.95245487 -1.50990017 H 2.38979456 -4.95265087 -1.50903517 H 3.63750456 -2.79230687 -1.50971617 H 2.39037056 -0.63173487 -1.51160817 H -0.10477644 -0.63167487 -1.51298117 H -1.35185944 -2.79197887 -1.51121217 --link1-- %nprocshared=48 %mem=60GB %chk=test_opt_fries_monob3.chk # opt=calcall b3lyp/6-31g(d) EmpiricalDispersion=gd3 # scrf=(smd,solvent=n,n-DiMethylFormamide) guess=read geom=check title 0 1 --link1-- %nprocshared=48 %mem=60GB %oldchk=test_opt_fries_monob3.chk %chk=test_td_fries_monob3.chk # td b3lyp/6-31g(d) EmpiricalDispersion=gd3 # scrf=(smd,solvent=n,n-DiMethylFormamide) guess=read geom=check title 0 1 --link1-- %nproc=48 %mem=60GB %oldchk=test_opt_fries_monob3.chk %chk=test_td_opt_fries_monob3.chk # opt td(nstates=20) b3lyp/6-31g(d) scrf(smd,solvent=n,n-DiMethylFormamide) # EmpiricalDispersion=gd3 guess=read geom=check title 0 1 |
9楼2019-11-28 12:31:33
cenxueer
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