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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】怎样做好药物设计及合成
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peakyu

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】怎样做好药物设计及合成 已有5人参与

大家好，本人以后要做药物合成，是关于某一酶抑制剂合成方向的，现在大部分的方法是以某一母体为基础进行衍生物的合成，然后进行活性测试，但这样有时候真的很盲目，好不容易作出衍生物，活性有时候并不一定好，而且论文的原创性也差。现在想请教大家，假设我有该母体的部分衍生物及其活性，包括相应的酶，我是否可以通过计算机模拟处理进行下一步的药物设计或者通过计算说明活性等构效关系，如果行的话，现在我应该先学习哪些软件，谢谢大家！！！不胜感激。

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:16 ]
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1楼 2009-06-08 18:37:46
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whitewatercn

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
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q68(金币+2,VIP+0):多多交流 6-9 09:57
zhaohscas1976(金币+3,VIP+0):多多交流 6-9 11:11
（1）PDB中能找到酶的晶体结构的话，可以用分子对接方法试一下
（2）有了一定数量的结构/活性数据的时候，可以做QSAR，2D或3D均可

软件有很多，手头有哪种，或者能买得起哪一种，就用哪一种。用什么软件并不重要，重要的是你得有一个思路

要设计某一酶的抑制剂，你先得对市面上/文献中现有的抑制剂类型作一个全面的调研，它们有什么共性（药效团，物理化学性质），覆盖了那些骨架，你能不能把Scaffold Hopping一下。

你还得对酶的性质了如指掌，有没有酶或复合物的晶体结构，有没有定点突变方面的研究，活性口袋什么形状，有哪些关键残基，有哪些关键作用。。。

什么？你是搞有机合成的，药物化学不懂，也没关系，你一看这个母体结构，就知道哪几个位置是比较容易上取代基的，好，每个位置分别上一个立体位阻大的和小的，电负性大的/小的，组合起来，合成十几二十个化合物，让生物的去测去，测完结果放在一表里，你对着这个表猛看，看了十天八天以后，你就有了一个 hypothesis: 哦，这里要放一个大基团，哪里要放一个亲电的，这就是人肉QSAR。然后你再设计几个化合物，再去测活性，结果回来一看，哦，大基团也不能太大，你修正了你的hypothesis,又重新设计了几个化合物。。。。
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5楼2009-06-09 09:52:28
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syhu_007012

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
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mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢参与交流！ 6-10 06:36
zhaohscas1976(金币+1,VIP+0):谢谢参与交流！ 6-10 10:42
这种情况用CoMFa比较合适吧
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2楼2009-06-08 18:51:14
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suntao1982

木虫 (著名写手)

小木虫
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mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢参与交流！ 6-10 06:36
zhaohscas1976(金币+1,VIP+0):谢谢参与交流！ 6-10 10:45
这个好像是SYBYL做的最好吧！
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做中国人的化学！！！！
3楼2009-06-08 21:35:50
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢参与交流！ 6-10 06:37
zhaohscas1976(金币+1,VIP+0):谢谢回帖交流 6-10 10:46
DISCO, GALAHAD, GASP等
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
4楼2009-06-08 23:16:16
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