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yjcmwgk禁虫 (文坛精英)
密度泛函·小卒
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【求助】80金币求助oniom的问题，需要您的解答（只要回复就给金币啦）{金币发完了}
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半个月没人回复了，决定放弃。当时悬赏的80金币，现在还剩75金币没发出去。现在，只要回复就给金币！ 80金币求助oniom的问题。 我一共不到90金币，没办法，这80金币已经是我能给出的最后一个铜板了。如果某大侠知道答案，但是觉得80金币太少，我可以再用Q币继续补偿您，呵呵。 我会用的分层算，一直是Gaussian98格式的oniom，也就是那种极其简单的分层算法。现在看Gaussian03格式的分层算法，晕了。 先给一个具体的分子，酞菁锂，结构如图1（PcLi2）。我分3层了。第一层是那两个Li原子，第二层是与Li直接相连的四个N原子，第三层是分子的其余部分。 我在GaussView4.1中定义各层，如图2. 图片有些大，请稍等。 我用GaussView4.1直接生成的文件如下： %nprocshared=1 %mem=500MB %chk=G:\ByHand\oniom\Li2PcONIOM.chk # opt freq=noraman oniom(mp2/6-311+g(3df,3pd):b3pw91/6-31g(d):b3lyp/3-21g) Li2Pc Oniom 0 1 -2 1 -2 1 2 1 2 1 2 1 C 0 -1.06827940 -2.59205361 0.00000000 L H 5 C 0 -0.64817712 -4.05208072 0.00000000 L C 0 0.64817712 -4.05208072 0.00000000 L C 0 1.06827940 -2.59205361 0.00000000 L H 5 N 0 0.00000000 -1.69380459 0.00000000 M C 0 -0.64817712 4.05208072 0.00000000 L C 0 0.64817712 4.05208072 0.00000000 L C 0 -1.06827940 2.59205361 0.00000000 L H 10 C 0 1.06827940 2.59205361 0.00000000 L H 10 N 0 0.00000000 1.69380459 0.00000000 M C 0 2.59205361 -1.06827940 0.00000000 L H 13 C 0 4.05208072 -0.64817712 0.00000000 L N 0 1.69380459 0.00000000 0.00000000 M C 0 4.05208072 0.64817712 0.00000000 L C 0 2.59205361 1.06827940 0.00000000 L H 13 C 0 -2.59205361 -1.06827940 0.00000000 L H 18 C 0 -4.05208072 -0.64817712 0.00000000 L N 0 -1.69380459 0.00000000 0.00000000 M C 0 -4.05208072 0.64817712 0.00000000 L C 0 -2.59205361 1.06827940 0.00000000 L H 18 N 0 2.29712177 2.29712177 0.00000000 L N 0 -2.29712177 2.29712177 0.00000000 L N 0 -2.29712177 -2.29712177 0.00000000 L N 0 2.29712177 -2.29712177 0.00000000 L C 0 5.23533458 1.38094601 0.00000000 L H 0 5.20203797 2.45044856 0.00000000 L C 0 6.46048480 0.68548141 0.00000000 L H 0 7.38597263 1.22242753 0.00000000 L C 0 6.46048480 -0.68548141 0.00000000 L H 0 7.38597263 -1.22242753 0.00000000 L C 0 5.23533458 -1.38094601 0.00000000 L H 0 5.20203797 -2.45044856 0.00000000 L C 0 1.38094601 -5.23533458 0.00000000 L H 0 2.45044856 -5.20203797 0.00000000 L C 0 0.68548141 -6.46048480 0.00000000 L H 0 1.22242753 -7.38597263 0.00000000 L C 0 -0.68548141 -6.46048480 0.00000000 L H 0 -1.22242753 -7.38597263 0.00000000 L C 0 -1.38094601 -5.23533458 0.00000000 L H 0 -2.45044856 -5.20203797 0.00000000 L C 0 -5.23533458 -1.38094601 0.00000000 L H 0 -5.20203797 -2.45044856 0.00000000 L C 0 -6.46048480 -0.68548141 0.00000000 L H 0 -7.38597263 -1.22242753 0.00000000 L C 0 -6.46048480 0.68548141 0.00000000 L H 0 -7.38597263 1.22242753 0.00000000 L C 0 -5.23533458 1.38094601 0.00000000 L H 0 -5.20203797 2.45044856 0.00000000 L C 0 -1.38094601 5.23533458 0.00000000 L H 0 -2.45044856 5.20203797 0.00000000 L C 0 -0.68548141 6.46048480 0.00000000 L H 0 -1.22242753 7.38597263 0.00000000 L C 0 0.68548141 6.46048480 0.00000000 L H 0 1.22242753 7.38597263 0.00000000 L C 0 1.38094601 5.23533458 0.00000000 L H 0 2.45044856 5.20203797 0.00000000 L Li 0 0.00000000 0.00000000 1.15363497 H Li 0 0.00000000 0.00000000 -1.15363497 H 我的问题如下： （1）关于电荷和自旋多重度这一行：0 1 -2 1 -2 1 2 1 2 1 2 1 请问0 1是不是整个分子的电荷和自旋多重度？ 后面的-2 1 -2 1 2 1 2 1 2 1，我知道是五对“电荷和自旋多重度”，请问它们分别对应的是什么？ （2）关于分子说明，如第一行分子说明： C 0 -1.06827940 -2.59205361 0.00000000 L H 5 请问“H 5”是什么意思？是不是表示它和H层之间仅仅隔着一个5号原子？如果H层和L层之间隔着不止一个原子，是不是就不会有“H 5”这样的声明？还有，当H层和L层之间仅有一个原子的时候，请问为什么要有这样的声明？ （3）请问H层和L层能不能直接连接？H层和L层之间必须被M层隔开吗？ （4）在Gaussian03的说明书中有这么一段： Atom layer assignment is done as part of the molecule specification, via additional parameters on each line according to the following syntax: atom coordinate-spec layer [link-atom [bonded-to [scale-fac1 [scale-fac2 [scale-fac3]]]]] where atom and coordinate-spec represent the normal molecule specification input for the atom. Layer is a keyword indicating the layer assignment for the atom, one of High, Medium and Low. The other optional parameters specify how the atoms located at a layer boundary are to be treated. You use link-atom to specify the atom with which to replace the current atom (it can include atom type and partial charge and other parameters). Link atoms are necessary when covalent bonding exists between atoms in different layers in order to saturate the (otherwise) dangling bonds. 请问：为什么要存在一种Link atom（链接原子，我不知道我这样翻译对不对）？它们的存在是为了补全电荷还是什么别的意图？在规定各个连接原子完毕之后，这些链接原子是否也要算进各个层的电荷和自旋多重度中去？ （5）[link-atom [bonded-to [scale-fac1 [scale-fac2 [scale-fac3]]]]] 请问换算因子scale-fac1、scale-fac2、scale-fac3分别是0.0、0.0、0.0时候，oniom在各层之间使用常规换算因子。请问如果不用常规换算因子，那么我是不是直接写上这个因子的数值？ 我一共不到90金币，没办法，这80金币已经是我能给出的最后一个铜板了。如果某大侠知道答案，但是觉得80金币太少，我可以再用Q币继续补偿您，先谢谢了。 [ Last edited by yjcmwgk on 2009-7-2 at 20:56 ] |
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yongleli
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对Link atom 的解释是， 分层之后，化学键不饱和。最简单的办法是堵上一个氢。 每个层单独计算的时候，其它层作为离散的背景电荷。 比如你的体系，中层的氮5有三价；但是作为中层，是以原子存在的。 为了模拟所在的化学环境，这个氮5必须连上2个原子。 默认连上两个氢。也可以增加，比如连C什么的。 然后多出来的氢在计算总能时减去。 E(N-C)=E(N-H)+E(H-C)-E(H2)之类的。 具体计算没有这么简单。算法见参考文献。 然后这个堵上的氢的键长、电荷等是参数，由程序重新定的。 可选的factor是用来改变这些参数的。用什么参数好需要看文献。 所以，如果对 N-C-H分三层的话，就是计算了这样三个体系： N-H1, H1-C-H2, H2-H，然后总密度、能量什么的通过加加减减得到。 以上仅为大意。 |
20楼2010-01-03 11:50:19
yjcmwgk
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