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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】80金币求助oniom的问题，需要您的解答（只要回复就给金币啦）{金币发完了}
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

[交流] 【求助】80金币求助oniom的问题，需要您的解答（只要回复就给金币啦）{金币发完了}

半个月没人回复了，决定放弃。当时悬赏的80金币，现在还剩75金币没发出去。现在，只要回复就给金币！


80金币求助oniom的问题。

我一共不到90金币，没办法，这80金币已经是我能给出的最后一个铜板了。如果某大侠知道答案，但是觉得80金币太少，我可以再用Q币继续补偿您，呵呵。

我会用的分层算，一直是Gaussian98格式的oniom，也就是那种极其简单的分层算法。现在看Gaussian03格式的分层算法，晕了。

先给一个具体的分子，酞菁锂，结构如图1（PcLi2）。我分3层了。第一层是那两个Li原子，第二层是与Li直接相连的四个N原子，第三层是分子的其余部分。
我在GaussView4.1中定义各层，如图2.
图片有些大，请稍等。

我用GaussView4.1直接生成的文件如下：
%nprocshared=1
%mem=500MB
%chk=G:\ByHand\oniom\Li2PcONIOM.chk
# opt freq=noraman oniom(mp2/6-311+g(3df,3pd):b3pw91/6-31g(d):b3lyp/3-21g)

Li2Pc Oniom

0 1 -2 1 -2 1 2 1 2 1 2 1
C                0   -1.06827940   -2.59205361    0.00000000 L H 5
C                0   -0.64817712   -4.05208072    0.00000000 L
C                0    0.64817712   -4.05208072    0.00000000 L
C                0    1.06827940   -2.59205361    0.00000000 L H 5
N                0    0.00000000   -1.69380459    0.00000000 M
C                0   -0.64817712    4.05208072    0.00000000 L
C                0    0.64817712    4.05208072    0.00000000 L
C                0   -1.06827940    2.59205361    0.00000000 L H 10
C                0    1.06827940    2.59205361    0.00000000 L H 10
N                0    0.00000000    1.69380459    0.00000000 M
C                0    2.59205361   -1.06827940    0.00000000 L H 13
C                0    4.05208072   -0.64817712    0.00000000 L
N                0    1.69380459    0.00000000    0.00000000 M
C                0    4.05208072    0.64817712    0.00000000 L
C                0    2.59205361    1.06827940    0.00000000 L H 13
C                0   -2.59205361   -1.06827940    0.00000000 L H 18
C                0   -4.05208072   -0.64817712    0.00000000 L
N                0   -1.69380459    0.00000000    0.00000000 M
C                0   -4.05208072    0.64817712    0.00000000 L
C                0   -2.59205361    1.06827940    0.00000000 L H 18
N                0    2.29712177    2.29712177    0.00000000 L
N                0   -2.29712177    2.29712177    0.00000000 L
N                0   -2.29712177   -2.29712177    0.00000000 L
N                0    2.29712177   -2.29712177    0.00000000 L
C                0    5.23533458    1.38094601    0.00000000 L
H                0    5.20203797    2.45044856    0.00000000 L
C                0    6.46048480    0.68548141    0.00000000 L
H                0    7.38597263    1.22242753    0.00000000 L
C                0    6.46048480   -0.68548141    0.00000000 L
H                0    7.38597263   -1.22242753    0.00000000 L
C                0    5.23533458   -1.38094601    0.00000000 L
H                0    5.20203797   -2.45044856    0.00000000 L
C                0    1.38094601   -5.23533458    0.00000000 L
H                0    2.45044856   -5.20203797    0.00000000 L
C                0    0.68548141   -6.46048480    0.00000000 L
H                0    1.22242753   -7.38597263    0.00000000 L
C                0   -0.68548141   -6.46048480    0.00000000 L
H                0   -1.22242753   -7.38597263    0.00000000 L
C                0   -1.38094601   -5.23533458    0.00000000 L
H                0   -2.45044856   -5.20203797    0.00000000 L
C                0   -5.23533458   -1.38094601    0.00000000 L
H                0   -5.20203797   -2.45044856    0.00000000 L
C                0   -6.46048480   -0.68548141    0.00000000 L
H                0   -7.38597263   -1.22242753    0.00000000 L
C                0   -6.46048480    0.68548141    0.00000000 L
H                0   -7.38597263    1.22242753    0.00000000 L
C                0   -5.23533458    1.38094601    0.00000000 L
H                0   -5.20203797    2.45044856    0.00000000 L
C                0   -1.38094601    5.23533458    0.00000000 L
H                0   -2.45044856    5.20203797    0.00000000 L
C                0   -0.68548141    6.46048480    0.00000000 L
H                0   -1.22242753    7.38597263    0.00000000 L
C                0    0.68548141    6.46048480    0.00000000 L
H                0    1.22242753    7.38597263    0.00000000 L
C                0    1.38094601    5.23533458    0.00000000 L
H                0    2.45044856    5.20203797    0.00000000 L
Li               0    0.00000000    0.00000000    1.15363497 H
Li               0    0.00000000    0.00000000   -1.15363497 H

我的问题如下：
（1）关于电荷和自旋多重度这一行：0 1 -2 1 -2 1 2 1 2 1 2 1
请问0 1是不是整个分子的电荷和自旋多重度？
后面的-2 1 -2 1 2 1 2 1 2 1，我知道是五对“电荷和自旋多重度”，请问它们分别对应的是什么？
（2）关于分子说明，如第一行分子说明：
C                0   -1.06827940   -2.59205361    0.00000000 L H 5
请问“H 5”是什么意思？是不是表示它和H层之间仅仅隔着一个5号原子？如果H层和L层之间隔着不止一个原子，是不是就不会有“H 5”这样的声明？还有，当H层和L层之间仅有一个原子的时候，请问为什么要有这样的声明？
（3）请问H层和L层能不能直接连接？H层和L层之间必须被M层隔开吗？
（4）在Gaussian03的说明书中有这么一段：
Atom layer assignment is done as part of the molecule specification, via additional parameters on each line according to the following syntax:
atom coordinate-spec layer [link-atom [bonded-to [scale-fac1 [scale-fac2 [scale-fac3]]]]]
where atom and coordinate-spec represent the normal molecule specification input for the atom. Layer is a keyword indicating the layer assignment for the atom, one of High, Medium and Low. The other optional parameters specify how the atoms located at a layer boundary are to be treated. You use link-atom to specify the atom with which to replace the current atom (it can include atom type and partial charge and other parameters). Link atoms are necessary when covalent bonding exists between atoms in different layers in order to saturate the (otherwise) dangling bonds.
请问：为什么要存在一种Link atom（链接原子，我不知道我这样翻译对不对）？它们的存在是为了补全电荷还是什么别的意图？在规定各个连接原子完毕之后，这些链接原子是否也要算进各个层的电荷和自旋多重度中去？
（5）[link-atom [bonded-to [scale-fac1 [scale-fac2 [scale-fac3]]]]]
请问换算因子scale-fac1、scale-fac2、scale-fac3分别是0.0、0.0、0.0时候，oniom在各层之间使用常规换算因子。请问如果不用常规换算因子，那么我是不是直接写上这个因子的数值？

我一共不到90金币，没办法，这80金币已经是我能给出的最后一个铜板了。如果某大侠知道答案，但是觉得80金币太少，我可以再用Q币继续补偿您，先谢谢了。

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-7-2 at 20:56 ]
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1楼 2009-06-06 17:04:41
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
无奈了。没有人回答吗？唉……等待达人回答ing

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-6-6 at 21:43 ]
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2楼2009-06-06 20:53:33
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erylingjet

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
gwdavid(金币+3,VIP+0):3q 6-8 18:45
yjcmwgk(金币+1,VIP+0):只要回复就给金币啦！ 7-2 20:17
建议把chemdraw那个图换成gjf格式,并标出lablel

楼主别急,可能还没有人看到,我帮你加成红题,醒目一下.

另外有个疑问,这样选三层,怎么保证每层就是你想设置的呢?
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3楼2009-06-06 21:13:51
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
引用回帖:
Originally posted by erylingjet at 2009-6-6 21:13:
建议把chemdraw那个图换成gjf格式,并标出lablel

楼主别急,可能还没有人看到,我帮你加成红题,醒目一下.

另外有个疑问,这样选三层,怎么保证每层就是你想设置的呢?

呵呵，谢谢斑竹！
建议把chemdraw那个图换成gjf格式,并标出lablel----我已经把gjf文件完整的贴出来了，就在正文里，只要复制进gjf文件，就能打开。
这样选三层,怎么保证每层就是你想设置的呢?----我用GV4.1的Layer工具，直接点击各个原子，用这种方式保证我想设置的HLM层分别就是我要的那些原子
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4楼2009-06-06 21:41:39
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
★ ★
erylingjet(金币+1,VIP+0):感谢交流 6-8 10:18
yjcmwgk(金币+1,VIP+0):只要回复就给金币啦！ 7-2 20:17
你好，你的输入文件可能有错误，你手上有没有运行成功的oniom例子？如果没有的话，我可以给你一个。
赞一下(25人) 回复此楼
5楼2009-06-07 13:42:53
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
引用回帖:
Originally posted by wuhanhgf2002 at 2009-6-7 13:42:
你好，你的输入文件可能有错误，你手上有没有运行成功的oniom例子？如果没有的话，我可以给你一个。

十分感谢，楼上大侠能给我一个运行成功的oniom例子吗？
qdd-china@foxmail.com
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6楼2009-06-08 09:27:00
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★
gwdavid(金币+1,VIP+0):3q 6-8 18:45
引用回帖:
Originally posted by wuhanhgf2002 at 2009-6-7 13:42:
你好，你的输入文件可能有错误，你手上有没有运行成功的oniom例子？如果没有的话，我可以给你一个。

我有运行成功的oniom，但是仅限于如下样式的简单的oniom：

# oniom(方法/基组:方法/基组:方法/基组) ……
自旋多重度只定义整个分子的，没有定义各层的自旋多重度
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7楼2009-06-08 09:33:02
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magic6

金虫 (正式写手)
★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0):只要回复就给金币啦！ 7-2 20:17
顶一下，期待高手解答～
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8楼2009-06-12 17:19:52
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qxh8419

金虫 (正式写手)
★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0):只要回复就给金币啦！ 7-2 20:17
希望大家帮忙，虫友们都是好样的
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博采众长
9楼2009-06-13 21:09:38
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niliu

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 6-14 09:48
yjcmwgk(金币+5,VIP+0):谢谢。其他问题请问能回答吗？ 6-15 19:22
yjcmwgk(金币+1,VIP+0):只要回复就给金币啦！ 7-2 20:17
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2009-6-6 17:04:
（2）关于分子说明，如第一行分子说明：
C                0   -1.06827940   -2.59205361    0.00000000 L H 5
请问“H 5”是什么意思？是不是表示它和H层之间仅仅隔着一个5号原子？如果H层和L层之间隔着不止一个原子，是不是就不会有“H 5”这样的声明？还有，当H层和L层之间仅有一个原子的时候，请问为什么要有这样的声明？

H  表示高一层计算时这个C原子当着H原子来饱和悬挂键（dangling bond）
5  表示高一层计算时这个C原子与编号为5的原子相连
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10楼2009-06-13 23:09:58
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