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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】20金币急求！！surflex-dock中怎样给每个产生protomol的探针分子打分？
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qustwq

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】20金币急求！！surflex-dock中怎样给每个产生protomol的探针分子打分？

急求急求！！surflex中怎样设置可以给每一个产生protomol的探针打分？或是在哪查看每个探针的得分？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:58 ]
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1楼 2009-06-04 14:01:51
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syhu_007012

木虫 (正式写手)
★
qustwq(金币+1,VIP+0):谢谢你！ 6-5 09:16
不知道  帮你顶吧
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2楼2009-06-04 15:08:58
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 6-4 20:06
qustwq(金币+1,VIP+0):谢谢！请问在sybyl里哪一模块可以给出蛋白周围探针与它相互作用的得分呢？ 6-5 09:19
这个应该做不到吧
赞一下(14人) 回复此楼
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
3楼2009-06-04 15:09:42
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qustwq

木虫 (正式写手)
请推荐一个可以查看蛋白周围探针的得分软件吧！
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4楼2009-06-05 09:23:40
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liugenyan

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-10 10:55
qustwq(金币+1,VIP+0): 7-15 22:02
surflex中怎样设置可以给每一个产生protomol的探针打分？或是在哪查看每个探针的得分？

为什么要这么做呢，我用SYBYL好久了没有这么做过
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5楼2009-07-07 23:07:51
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winterose_

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 7-10 16:38
qustwq(金币+1,VIP+0):谢谢！ 7-15 22:02
我揣测了半天楼主的意图,大胆询问下不会是为了观察口袋的环境吧...?
那样的话可以有其它更好的办法.
当然,我自猜自想,可能八竿子打不着,那样的话楼主就直接忽略这贴吧...
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6楼2009-07-10 15:32:48
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杞实很简单

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 7-12 17:49
qustwq(金币+2,VIP+0): 7-15 22:02
我也用了syby快两年了，使用surflex也有一段时间了。我做这个的时候没有考虑过这个问题，无法给楼主直接解答。我自己认为，这个模块没有涉及到给产生的protomol进行打分的功能。个人认为可以比较protomol与受体蛋白质原来自带的配体，通过比较这两者的相关性，可以在一定程度上评价程序产生的protomol优劣。
个人愚见，尽情拍砖。
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7楼2009-07-12 15:45:50
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