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萌翻啊

新虫 (小有名气)

[交流] 怎么确定受体和配体结合的活性口袋? 已有4人参与

求助:我做分子对接有一段时间了,但是一直有一个疑问,受体分子在和配体小分子做分子对接时,我怎么确定它的活性口袋,对于autodock和autodock vina都需要设置盒子坐标和大小,这个时候的设置标准有什么要求吗?想问一下有什么方法能够确定活性口袋的位置吗?

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好孩子坏孩子

金虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
可以根据模板活性口袋查找

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3楼2019-09-26 20:23:22
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small28

新虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
一般是覆盖配体小分子即可吧

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2楼2019-09-26 20:22:11
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萌翻啊

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 好孩子坏孩子 at 2019-09-26 20:23:22
可以根据模板活性口袋查找

请问怎么用模板的活性口袋查找呢?是用软件吗?可以教教我吗?

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4楼2019-09-27 09:45:38
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一代米哟

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
如果PDB结构里有共晶配体,就用它确定口袋;如果没有共晶配体,可以用软件识别位点,可以百度搜索【识别结合位点】小工具教程。确定活性口袋不光是软件的事情,更需要综合可靠信息进行甄别。可以在知乎上搜索【如何确定对接口袋?】,看完就明白了。
7楼2021-12-02 17:32:52
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