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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【转帖】用Material Studio构建复杂模型及转换成poscar的2种方法
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wuli8

荣誉版主 (知名作家)

[资源] 【转帖】用Material Studio构建复杂模型及转换成poscar的2种方法 已有2人参与

原帖地址：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=646969
原帖已经不能回复，这里重发！

此帖已被多个论坛、博客转载，但原创就为此帖。相信大家读后会有所受益！
今后如有转载，请注明作者及来源


前面有xinjiang“介绍一个用Material Studio构建表面模型（zz）”的帖子，我发现做表面的还不少。这里我也给大家介绍一点经验，简单点表面构建法前面介绍了，那么这里我介绍“用Material Studio构建稍微复杂的表面模型”。这里介绍的是构造一个根号3x2的pt（111）表面。
用MS Modeling制作slab模型结构图
1， 打开MS modeling,建立一个项目，如test；
2， 右击test项目，在下拉菜单中选择import,在弹出的菜单中选择Structures/metals/pure-metals/Pt;
3, 在主菜单中的Build选择surfaces/Cleave surface,
4, 在弹出的菜单中处理数据
（i）在surface box界面下
a)你所要做的表面，如[111];  也就是将cleave plane [h k l]修改成 [1 1 1]；
b) 修改深度，即将depth修改成你所需要的原子层数， 如4；
（ii）在options界面下
将Orientation standard选项改成U矢量沿x轴方向，V在xy平面
（iii）在surface Mesh的界面下
修改U,V矢量。
如保持U不变，将V矢量修改成 0.5 0.5 -1
5,点击cleave,产生一个[1 1 1]的表面模型，
6，在主菜单中的Build选择Crystals/Build Vaccum Slab
7,在弹出的菜单中修改相应的参量，比如将真空厚度修改成14angstrom, 点击build产生一个Slab模型；
8，在主菜单中的Build选择Symmetry/supercell,将单胞修改成你所需要的大小，如将A修改成2，点击Create supercell
这样产生了你所要的表面
在该表面，你可以非常简单的看出hcp与fcc的差别，以及top，bridge位置。


如果你需要产生vasp的poscar文件，那么你可以从ms模块导出这个文件为.car文件（它是卡迪尔坐标），简单进行处理下就变成vasp了。
比如我这里有个。car坐标：
引用回帖:
!BIOSYM archive 3
PBC=2D
Materials Studio Generated CAR File
!DATE Thu Nov 16 09:42:17 2006
PBC    11.5352    4.9949   90.0000(p 1)
Au1      0.000000000    2.679917131   -2.354607603 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au2      5.767587171    2.679917131   -2.354607603 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au3      2.883793586    2.679917131   -2.354607603 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au4      8.651380757    2.679917131   -2.354607603 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au5      1.441896793    0.182478626   -2.354607603 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au6      7.209483964    0.182478626   -2.354607603 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au7      4.325690379    0.182478626   -2.354607603 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au8     10.093277550    0.182478626   -2.354607603 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au9      1.441896793    1.847437629    0.000000000 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au10     7.209483964    1.847437629    0.000000000 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au11     4.325690379    1.847437629    0.000000000 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au12    10.093277550    1.847437629    0.000000000 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au13     0.000000000    4.344876134   -0.000000000 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au14     5.767587171    4.344876134    0.000000000 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au15     2.883793586    4.344876134    0.000000000 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au16     8.651380757    4.344876134    0.000000000 XXXX 1      xx      Au  0.000
end
end

要转换成vasp，下面贴出我的程序是：
CODE:
parameter(nsum=16,nsun=0,n=16)
real x(n),y(n),z(n)
real lx(3),ly(3),lz(3)
real lattice
character p
character*18 selective
character*6 direct

lx=0.0
ly=0.0
lz=0.0
lattice=4.64
lx(1)=  11.8800/lattice
ly(2)= 6.5761/lattice
lz(3)= 15.8554/lattice       



open(1,file="Au (1 1 1) (4).car")
do i=1,5
read(1,*)
enddo
do i=1,n
read(1,*)p,x(i),y(i),z(i)
enddo
do i=1,2
read(1,*)
enddo
close(1)
open(2,file="POSCAR")
write(2,*)"rutile.TiO2(110)"
write(2,15)lattice
15 format(f15.8)
write(2,16)lx
write(2,16)ly
write(2,16)lz
16 format(3f15.8)
write(2,17)nsum,nsun
17 format(2I5)
Selective="Selective dynamics"
direct="direct"
write(2,171)Selective
write(2,172)"direct"
171 format(A18)
172 format(A6)
do i=1,n
write(2,18)x(i)/lx(1)/lattice,y(i)/ly(2)/lattice,z(i)/lz(3)/lattice
18 format(3f15.8,"   T   T   T")
enddo

close(2)
end

那么产生的poscar文件：
引用回帖:
rutile.TiO2(110)
     4.64000000
     2.56034500      .00000000      .00000000
      .00000000     1.41726300      .00000000
      .00000000      .00000000     3.41711200
   16    0
Selective dynamics
direct
      .00000000      .40752380     -.14850510   T   T   T
      .48548710      .40752380     -.14850510   T   T   T
      .24274360      .40752380     -.14850510   T   T   T
      .72823070      .40752380     -.14850510   T   T   T
      .12137180      .02774876     -.14850510   T   T   T
      .60685890      .02774876     -.14850510   T   T   T
      .36411530      .02774876     -.14850510   T   T   T
      .84960250      .02774876     -.14850510   T   T   T
      .12137180      .28093210      .00000000   T   T   T
      .60685890      .28093210      .00000000   T   T   T
      .36411530      .28093210      .00000000   T   T   T
      .84960250      .28093210      .00000000   T   T   T
      .00000000      .66070720      .00000000   T   T   T
      .48548710      .66070720      .00000000   T   T   T
      .24274360      .66070720      .00000000   T   T   T
      .72823070      .66070720      .00000000   T   T   T



如果觉得有用的话，大家就拍下砖啊，让更多的同志们能探讨和学习表面构建.支持下我的呕心原创 ^_^！

第二种构建poscar进阶方法，可构建高指数面，纳米线管等复杂结构
在ms模块中搭建好所需要的的结构，然后点一个模块比如castep下拉菜单中的“calcualtion”，出现一个菜单，在该菜单最下方出现三个选项，run，files，help，我们选择点击“files”，然后点击“save files”。这个时候你建立的结构就会默认保存在项目下。你到项目下打开你保存的文件。会看到一个*.cell文件，如果看不到，你就到工具栏下设置下显示隐藏的文件，*.cell是隐藏的文件。打开这个cell文件，你会看到前面是坐标文件，比如：
CODE:
%BLOCK LATTICE_CART
       2.555294556406364      -1.475300000000001       0.000000000000000
       0.000000000000000       2.950600000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       4.678800000000000
%ENDBLOCK LATTICE_CART

%BLOCK POSITIONS_FRAC
Ti   0.3333333333333334   0.6666666666666667   0.2500000000000000
Ti  -0.3333333333333334  -0.6666666666666667   0.7500000000000001
%ENDBLOCK POSITIONS_FRAC

%BLOCK KPOINTS_LIST
  -0.5000000000000000  -0.5000000000000000   0.4166666666666666       0.010000000000000
  -0.5000000000000000  -0.5000000000000000   0.2500000000000000       0.010000000000000
  -0.5000000000000000  -0.5000000000000000   0.0833333333333333       0.010000000000000
  -0.5000000000000000   0.4000000000000000   0.4166666666666666       0.040000000000000
  -0.5000000000000000   0.4000000000000000   0.2500000000000000       0.040000000000000
  -0.5000000000000000   0.4000000000000000   0.0833333333333333       0.040000000000000

cell文件第2行到第5行的数字显示的是晶格矢量，对应就是poscar前面的第3行到第6行的基矢量，不过这个时候poscar的第二行的晶格常熟要设置为1，因为cell文件的晶格矢量包含了晶格常数进去了。
cell文件第7行空格，第8行显示说是坐标了，而且是分数坐标，呵呵，很清楚了，在poscar的基矢量接着写下“direct”，表示是分数坐标，然后把cell文件第9行到第10行（这里是针对我给出的简单例子只有2个原子，多原子的类推就可以了）copy到poscar下就可以了。
一个poscar就完成了！就算很复杂的结构比如高指数表面，纳米线，纳米管，使用这种方法构建，非常简单！不过以上方法都是我个人摸索出来的，是否可行，有待大家评点！
对于很多纳米结构，比如纳米碳管，不管什么类型的管，现在高版本的ms都可以直接输出。特别很方便，大家也可以看看。

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1楼 2009-06-03 19:00:34
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gavinliu7390

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 含草 at 2009-07-14 10:34:06:
那请问大家一般来说都是用哪种方法得到原子坐标呢

大部分人有两种办法。
一，随便找个模块跑一下，例如跑一下castep。 当看到任务开始run的时候，大约几秒的时间就可以把它停了，然后在输出会找到晶格矢量和原子坐标。
二，首先取消对称性，然后导出cif文件，也会有原子坐标。
赞一下 回复此楼
29楼2010-04-03 15:58:26
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liluyan

银虫 (正式写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

给版主提个建议,这里是介绍的根号3x2的表面构造,那么构造根号2x2或其它的表面怎么弄呢?所以希望版主把构造的思想给我们讲讲吧,比如U,V变化的意义,怎么构造出的根号3,谢谢
赞一下 回复此楼
4楼2009-06-04 10:23:59
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含草

金虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

那请问大家一般来说都是用哪种方法得到原子坐标呢
赞一下 回复此楼
7楼2009-07-14 10:34:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

六198

金虫 (正式写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

学习了～～～～～
赞一下 回复此楼
8楼2009-07-14 14:15:48
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