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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】[求助]分子动力学模拟（BOMD）出错问题
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sophy8069

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】[求助]分子动力学模拟（BOMD）出错问题

TRJ-TRJ-TRJ-TRJ-TRJ-TRJ-TRJ-TRJ-TRJ-TRJ-TRJ-TRJ-TRJ-TRJ-TRJ-TRJ-TRJ-TRJ
  WANTED AN INTEGER AS INPUT.
  FOUND A STRING AS INPUT.
Ti  0                                                                           
                                                                                 
                                                                                 
                 
?
Error termination via Lnk1e in C:\G03W\l118.exe at Wed Jun 03 11:49:25 2009.
这是我的BOMD输出文件，请问出错在哪啊？？
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1楼2009-06-03 12:00:34
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 6-4 10:55
引用回帖:
Originally posted by sophy8069 at 2009-6-3 12:00:
TRJ-TRJ-TRJ-TRJ-TRJ-TRJ-TRJ-TRJ-TRJ-TRJ-TRJ-TRJ-TRJ-TRJ-TRJ-TRJ-TRJ-TRJ

Ti  0                                                            ...

根据你的出错信息和你给出的输入文件
我判断是你在输入文件中没有给出title这一行
导致程序把你的电荷、自旋多重度和输入坐标等当成了title
然后把Ti 0这一行当成了电荷和自旋多重度
电荷的数字要求是整数，因此出现了
"WANTED AN INTEGER AS INPUT.
  FOUND A STRING AS INPUT.”
的出错信息，你需要补全title这一行，格式：

# ...........
                                            空一行
title                                      随便写点什么
                             再空一行
电荷 自旋多重度
分子坐标信息........
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
5楼2009-06-04 09:40:02
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 6-4 20:00
引用回帖:
Originally posted by sophy8069 at 2009-6-4 11:20:

title那一行我写了的，包括在分子结构里了，我没贴出来。

title的上下有空行吗？应该是有且只有一个空行
格式问题一点都不能马虎
从你出错的信息，我还是坚持我的观点
要不你把你的输出文件都贴出来看看，
如果想对分子结构保密，你可以把分子结构第一个原子和最后一个原子之间的部分隐藏

[ Last edited by hairan on 2009-6-4 at 11:34 ]
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
8楼2009-06-04 11:32:15
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 6-4 20:01
sophy8069(金币+2,VIP+0):谢谢 因为我优化结构时用的这个基组，所以就没变了。请问算BOMD的基组必须和优化此分子结构时用的一样才行吗？？ 6-11 16:26
引用回帖:
Originally posted by sophy8069 at 2009-6-4 15:18:

%chk=1p.chk
%mem=300MB
%save
%nproc=1
# b3lyp/gen bomd(update=4,Rtemp=285,step=6100)

Title Card Required

0 1
C
分子结构
D14         -151.04903303


Ti  0
6-311++g
****
C  H   ...

我试了一下你的输入文件，的确存在输入格式问题，只不过在Ti 0这一行附近，推荐输入格式：
........
0 1
C
分子结构
D14         -151.04903303

0                                               ！ lz注意这一行

Ti  0
6-311++g
****
C  H   0
6-31g
****



另外，对你的基组使用很觉得奇怪，首先对Ti来说，6-311+G和6-311++G没有区别，其次，你的计算为什么不用极化函数，尤其是对过渡金属来说，极化函数是准确描述波函数所必须的。我认为6-31+G(d)要比6-311+G要准确得多。
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13楼2009-06-04 16:10:08
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
★ ★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):3Q! 6-11 19:14
sophy8069(金币+1,VIP+0):谢谢你提供的信息。希望能给我个你的QQ号，以便交流，谢谢。 6-15 16:38
引用回帖:
sophy8069(金币+2,VIP+0):谢谢 因为我优化结构时用的这个基组，所以就没变了。请问算BOMD的基组必须和优化此分子结构时用的一样才行吗？？ 6-11 16:26  ...

回楼主

优化和BOMD倒不一定非要用一样的基组
但是对你的含有过渡金属的体系
最好都用带了极化函数的基组（也就是那个(d)）
优化的时候甚至需要更高角动量的极化基组，比如(2d,2p)或者(3df,2p)等等
而那个加号，也就是弥散函数，如果是中性分子或者正离子，有时不要也行。
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
15楼2009-06-11 18:43:59
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