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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】【求助】怎么看MD的全部输出结果
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466902981

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】【求助】怎么看MD的全部输出结果

怎么看MD的全部输出结果啊？包括cell的变化，原子的坐标，压力，密度等等参数，从哪里看啊？多谢了！
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1楼2009-06-03 10:36:13
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Minicheung

至尊木虫 (职业作家)
★
466902981(金币+1,VIP+0):多谢！ 6-3 11:11
先请问，你都计算了一些什么啊
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2楼2009-06-03 11:04:43
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466902981

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by Minicheung at 2009-6-3 11:04:
先请问，你都计算了一些什么啊

用npt方法在一定温度T和压力P下做了MD,轨迹文件保存方式选择的是full,想看到体系在外加压力下的变化情况，所以我想要Cell的变化情况,原子坐标的变化输出，不知道怎么实现，请朋友帮忙！
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3楼2009-06-03 11:16:26
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abinitio

版主 (著名写手)
★
466902981(金币+1,VIP+0):多谢！ 6-3 14:38
用的是那个模块？
应该会有个.out文件，里面就是输出的值。
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4楼2009-06-03 14:15:14
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466902981

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by abinitio at 2009-6-3 14:15:
用的是那个模块？
应该会有个.out文件，里面就是输出的值。

我用的是discover 模块，但.out 文件中的输出很少，比如cell的大小只是动力学开始时的参数，而变化的情况怎么看呢？多谢了！
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5楼2009-06-03 14:40:26
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
466902981(金币+5,VIP+0):多谢！ 6-4 10:39
input文件里面加上
execute frequency = 200 \
            command = {print table +append \
            +average \
            +batch_average \
            +batch_sd \
            batch_size = 1000 \
            +total_energy \
            +kinetic_energy \
            +potential_energy \
            +state }
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6楼2009-06-03 21:13:03
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466902981

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2009-6-3 21:13:
input文件里面加上
execute frequency = 200 \
            command = {print table +append \
            +average \
            +batch_average \
            +batch_sd \
            batch_size = 1 ...

多谢指点！是做动力学前加还是做动力学之后加？要是之前加的话，用什么方法可以从三维初始结构中得到输入文件呢？多谢了！
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7楼2009-06-04 10:43:39
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