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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】ＤＳ在跑动力学的时候可以看到中间过程的轨迹么？
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...

[交流] 【求助】ＤＳ在跑动力学的时候可以看到中间过程的轨迹么？

在跑得这个结构比较大，所以算了很长时间还没结束。现在CPU确实在占用资源，但怕是假象（因为以前用Gaussian的时候明明不在算cpu也显示占用50%）。DS的out文件里面没有任何文件，请问这个软件在计算过程中不临时保存轨迹的吗？我要怎么判断DS是不是真的在跑呢？（除了看CPU）。
请大侠指教，万分感激.
还有如果我不小心关掉程序的话，可不可以继续算下去呢？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:23 ]
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
1楼 2009-06-01 11:13:39
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yongbinz

金虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
yyx19840628(金币+2,VIP+0):谢谢 6-1 14:15
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 8-8 22:33
没有做过这个方面的，不过应该不可以吧，你停止这个程序的时候，系统会提醒你是否删掉你做的工作，不过，你可试试用其它没有用的程序停止，看会不会有影响哈！
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2楼2009-06-01 11:42:55
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童心

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 6-19 11:50
Job在运行的时候，不是有running或者success（表示ok了），或error的标识吗？而且你若要保存中间轨迹文件，需要在prference里面protocol选项中选择save intermediate files。这样就算中间断电也是可以重新接着运行的。
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3楼2009-06-19 11:14:20
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maitianhao

金虫 (小有名气)
应该不行，我也没做过
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4楼2009-06-20 15:47:00
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香奈儿3182

铜虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★
yyx19840628(金币+2,VIP+0):打不开啊 7-8 16:28
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 8-8 22:33
你可以在C:/-program files/scitegic/web/jobs/user中看，但一定要在运行时。
dcd格式是看轨迹的
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5楼2009-07-08 14:48:39
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-10 10:13
好象WINDOWS版能实时看到能量等变化曲线。
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6楼2009-07-08 15:10:09
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
引用回帖:
Originally posted by yytsnake at 2009-7-8 15:10:
好象WINDOWS版能实时看到能量等变化曲线。

你说的好像是MS中的Discovery
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
7楼2009-07-08 16:23:43
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qixingbao07

木虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 7-10 10:14
DS在跑的过程中是不能看的，并且DS还占内存很大
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8楼2009-07-09 08:11:15
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
还好啊，比MS里面的ds快多了
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
9楼2009-07-09 15:20:11
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童心

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 8-8 22:33
yyx19840628(金币+1,VIP+0):为什么我的出现erro也没有东西——设置里面勾选保存中间数据的。 8-18 19:40
运算中output里面是没有东西的，就算你设置了保存中间文件，只有出现error或者success的时候才可以
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10楼2009-08-08 21:08:14
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