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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 做分子对接的蛋白结构如何选择？
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zmcwangyang

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 做分子对接的蛋白结构如何选择？ 已有2人参与

新人求助，做分子对接时，在PDB数据库中搜索蛋白，遇到同一个蛋白具有多个结构的情况，比如NR5A2具有1YOK、1YUC、3PLZ等多种结构，该选择哪个结构来进行分子对接，选择的理由是什么？求助各位大神，谢谢
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1楼 2019-08-14 09:59:56
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jlz3278

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zmcwangyang: 金币+3, ★有帮助 2019-08-16 15:57:53
需要先了解这些所解析的晶体结构是否已经包含了拟对接分子的潜在结合位点，还需注意晶体结构中蛋白序列是否为野生型、是否含有PTM、是否存在有可能引起构象变化的特殊有机溶剂和别构效应分子等。如果系列晶体结构的性质都类似，选择分辨率最高的。
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zmcwangyang
2楼2019-08-15 08:08:38
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zmcwangyang

铁杆木虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by jlz3278 at 2019-08-15 08:08:38
需要先了解这些所解析的晶体结构是否已经包含了拟对接分子的潜在结合位点，还需注意晶体结构中蛋白序列是否为野生型、是否含有PTM、是否存在有可能引起构象变化的特殊有机溶剂和别构效应分子等。如果系列晶体结构的 ...

感谢回复，请问一下您说的是否包含拟对接分子的结合位点怎么了解呢？查看文献还是有其他的方法，另外蛋白序列是否为野生型、是否含有PTM、是否存在有可能引起构象变化的特殊有机溶剂和别构效应分子这个怎么看，层主可以举个例子或者分享一些这方面的资料吗？谢谢大佬
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3楼2019-08-15 17:02:36
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cngdkpmg

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

百度搜索“如何选择蛋白晶体结构”
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4楼2019-12-31 11:41:38
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