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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » foldx相关问题
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阿拉很强大

金虫 (小有名气)

[求助] foldx相关问题

foldx里面的positionScan的意义在哪里？先突变成Ala再突变成自身后，又重新突变成目标氨基酸？这样的过程意义在哪呢？萌新一个，还在学习中，原谅问这个愚蠢的问题。
The way it operates is: first it mutates the selected position to Ala and annotates all neighbour residues; then it mutates the WT residue to itself, and then the neighbours to themselves followed each time by the WT residue to itself. In this way we ensure that when we mutate we will not move any residue that has not been moved in the WT reference. Once this is done, the new WT reference is mutated at the selected position to the target amino acids. To prevent problems, neighbour side chains are only optimized when creating the WT reference after self- mutation, but not when making the individual mutants unless we select a new rotamer for the neighbour.
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1楼 2019-08-09 16:47:15
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xxxx666

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 阿拉很强大 at 2019-08-12 04:09:11
我懂了

可以请教一下foldx的使用方法吗？我不知道为什么打不开，谢谢
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3楼2020-02-05 18:23:52
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阿拉很强大

金虫 (小有名气)
我懂了

发自小木虫IOS客户端
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2楼2019-08-12 04:09:11
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阿拉很强大

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xxxx666 at 2020-02-05 18:23:52
可以请教一下foldx的使用方法吗？我不知道为什么打不开，谢谢...

foldx用cmd的命令行调用打开，如果没有设置环境路径的话就在原来的工作目录下打开cmd窗口就可以调用了。
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4楼2020-05-29 08:14:26
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Phama man

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 阿拉很强大 at 2020-05-29 08:14:26
foldx用cmd的命令行调用打开，如果没有设置环境路径的话就在原来的工作目录下打开cmd窗口就可以调用了。...

大佬，请问能具体教一下吗，可有偿

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5楼2022-01-04 11:41:44
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