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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 分子对接求助
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zjj_0512

铁虫 (小有名气)

[求助] 分子对接求助 已有1人参与

有没有会用Autodock 做分子对接的，我要做一个蛋白与药物结合的模型，但是本人是个小白，急需帮助，非常感谢
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1楼 2019-08-08 11:33:01
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小木翔AI

新虫 (著名写手)
没用过autodock做分子对接，我用的maestro里的gride，不知道能否提供帮助

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2楼2019-08-08 12:32:34
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astrozheng

银虫 (小有名气)
我用的是autodock vina

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个人签名用英文会没有空格，真是个bug.
3楼2019-08-08 13:36:42
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
可以的奥，分子对接autodock学习一下比较好

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4楼2019-08-08 13:46:13
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zjj_0512

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by longdlut at 2019-08-08 13:46:13
可以的奥，分子对接autodock学习一下比较好

有系统一些的教程么？
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5楼2019-08-08 19:11:31
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zjj_0512

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by astrozheng at 2019-08-08 13:36:42
我用的是autodock vina

我在推荐的网址下载的，但是打开都没有反应，不晓得是电脑的问题还是我下载的不对，我们整个课题组没人接触过这个，所以都无从入手
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6楼2019-08-08 19:13:12
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astrozheng

银虫 (小有名气)
网上教程都很简单的

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个人签名用英文会没有空格，真是个bug.
7楼2019-08-09 01:13:36
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changera

新虫 (小有名气)
vina 是不能被打开的，要自己提前写好一个txt的grid然后win上面的话就是调cmd来运行的

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8楼2019-10-08 00:03:26
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情调小坏

铜虫 (小有名气)
vina 批量的比较方便。

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9楼2020-04-04 00:28:45
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一代米哟

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

个人觉得用AutoDock Vina或者DOCK 6比较准确，而且不会经常出错。开源的可以发文章。网上也有大神写分享的教程。例如知乎搜“蛋白/核酸/多肽-小分子对接(Vina)”操作非常简单，算完直接出图出数据，非常适合小白使用。
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10楼2021-12-03 10:58:03
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