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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】请问LJ-SR与LJ-LR一个长程一个短程，进行自由能计算时应选哪个？
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】请问LJ-SR与LJ-LR一个长程一个短程，进行自由能计算时应选哪个？

如题，谢谢啦先！

PS：我要进行gromacs的LIE计算，不知该用这两个的哪一个？长程和短程有什么区别啊？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:46 ]
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1楼 2009-05-30 12:48:33
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xuefei06

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
gwdavid(金币+3,VIP+0):嗯,太感谢飞兄了,你这样一解释,我心里边就有数了,取舍与否就有数了 6-8 18:27
我觉得应该是二者的和，应为他们都是LJ势作用下的能力，LJ-SR是cut-off距离内的LJ作用能，LJ-LR是大于cut-off一定距离内（好像是0.3nm）的作用能，这是为了减少截断误差而设的
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2楼2009-06-08 17:31:48
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