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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】怎样用sybyl 模拟小分子配体的结合位点？
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qustwq

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】怎样用sybyl 模拟小分子配体的结合位点？

我导师让我用sybyl模拟一个三肽的活性位点，就是用N-H探针和C=O探针紧密据聚集在三肽的氢键受体和供体部位。不知道如何下手？请高手指点一下。
已结决！结果如楼下所说。。。

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:13 ]
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1楼 2009-05-29 19:43:22
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 5-30 11:25
qustwq(金币+1,VIP+0):谢谢指点！ 6-1 09:02
surflex在对接过程中可以自动生成活性部位的探针模拟，仅供参考
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2009-05-29 23:58:10
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qustwq

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by gwdavid at 2009-5-29 23:58:
surflex在对接过程中可以自动生成活性部位的探针模拟，仅供参考

就是那些生成protomol的探针分子么？可是生成的C=O探针并不是聚集在配体的氢键供体部位啊！
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3楼2009-06-01 09:08:06
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winterose_

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-10 16:37
sybyl 中的protomol的原理是用探针去定义蛋白的口袋环境,与所做的配体不会一一对应.
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4楼2009-07-10 15:48:55
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杞实很简单

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-13 14:47
对，楼上说的是正解，用surflex就是以CH4, C＝O, N—H为分子探针, 确定受体结合腔, 并将配体与受体进行柔性对接的。不过对接结果并不是表示这些探针是紧密聚集在三肽的氢键受体和供体部位，而是靠近。
赞一下(11人) 回复此楼
5楼2009-07-13 10:56:26
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