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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】GROMACS的动力学结果可以用在AMBERZ中计算结合能吗
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pxqtea

铁虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】GROMACS的动力学结果可以用在AMBERZ中计算结合能吗

如题，请指教，多谢了

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:21 ]
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1楼 2009-05-27 21:14:09
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★ ★ ★ ★
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 5-30 11:39
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-15 20:07
Amber本身就是动力学的工具，自已的结合自由能计算工具也很方便。
你为什么要用gromacs的结果进去算呢？
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2009-05-28 09:37:44
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sijifengsd

银虫 (小有名气)

交流

★ ★
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yuhuobuku(金币+1,VIP+0):欢迎参加讨论 7-7 14:04
我想可能这也是一种求算结合能的途径吧
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似水年华
3楼2009-07-06 23:06:20
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pxqtea

铁虫 (初入文坛)
Amber可以用来做膜蛋白的动力学吗，很少看到这方面的文献，而且，很多地方说它没有表面张力选项，处理的时候会有问题。不知道您有没有这方面的经验？
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4楼2009-07-15 20:03:12
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