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翅膀9889

铜虫 (初入文坛)

[交流] 如何消除质粒上的酶切位点

例如 Hind III
设想用Hind III切开,再把突出的粘性末端削掉,质粒回连,就消除掉了这个位点
查了S1核酸酶的说明书,不理解下面的步骤使用例:

DNA单链部分的特异性分解
1. 在微量离心管中配制下列反应液。
DNA 1 μg
10×S1 Buffer 2 μl
S1 Nuclease 10 U
H2O up to 20 μl
2. 23℃反应15分钟。
3. 用20 μl的20 mM EDTA停止反应。

4. 加入40 μl(等量)的苯酚/氯仿/异戊醇(25 :24 :1),充分混匀。
5. 离心,取上层(水层)移至另一微量离心管中。
6. 加入40 μl(等量)的氯仿/异戊醇(24 :1),充分混匀。
7. 离心,取上层(水层)移至另一微量离心管中。
8. 加入4 μl(1/10量)的3 M NaOAC(pH5.2)。
9. 加入100 μl(2.5倍量)的冷无水乙醇,-20℃放置30~60分钟。
10. 离心回收沉淀,用70%的冷乙醇清洗沉淀,真空干燥。

11. 溶解于适量的TE Buffer后,用Klenow Fragment或T4 DNA Polymerase把DNA片段修复成平滑末端。

第二部分中的步骤是不是可以用酒精沉淀的方法代替?

既然S1核酸酶可以消除掉单链,为什么后面还要用T4DNA聚合酶修复?

有没有更好的酶或者方法?
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biogefart

木虫 (著名写手)

不用这么麻烦


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
酶切后补平,再平端连接就可以了
闹太套
2楼2009-05-27 10:40:57
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zhaocy8903

木虫 (知名作家)

定点突变试剂盒最方便了
3楼2009-05-27 10:48:10
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anik

银虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 翅膀9889 at 2009-5-27 10:33:
例如 Hind III
设想用Hind III切开,再把突出的粘性末端削掉,质粒回连,就消除掉了这个位点
查了S1核酸酶的说明书,不理解下面的步骤使用例:

DNA单链部分的特异性分解
1. 在微量离心管中配制下列反应液 ...

二楼的方法还是存在酶切位点。

究竟沉淀没有那些步骤回收的效率高,另一方面,酶蛋白也有可能存在于用酒精回收的样品中。

T4连接酶连接消化后的平末端。
4楼2009-05-27 14:55:50
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anik

银虫 (正式写手)

如果是一段DNA片段中有酶切位点,可以用融合PCR将酶切位点敲掉。
5楼2009-05-27 14:56:49
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