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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【讨论】dock 5 打分函数的调节
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dfjk-123

新虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】dock 5 打分函数的调节

我正在使用dock 5.1进行蛋白质和小分子的对接，但是对接后的结构总是和晶体结构不一样，请问这是什么问题，应该修改打分函数中的哪一个参数？dock.in中哪些参数会对打分有大的影响？应该如何调节？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:52 ]
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1楼 2009-05-26 08:50:19
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 5-26 21:02
没有用过dock，不过如果不是极大量库的筛选不建议使用dock，对接的始祖，但发展并不持续。现在已经有些过时了
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2009-05-26 09:11:32
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vip_zzc

铜虫 (小有名气)
我也正在做这个。
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路漫漫长其修远兮，吾将上下而求索~
3楼2010-03-17 20:45:13
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-17 22:21
你可以设定产生多个构象，比如100~500个。比较其中有无与晶体结构一致的。
赞一下(2人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
4楼2010-03-17 21:34:32
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