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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 如何模拟分子自组装结果？
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qianqiuxue5683

木虫 (正式写手)

[求助] 如何模拟分子自组装结果？

一个具有特定结构的分子，比如是萘环，把这样的分子放入特定溶剂中，随着温度降低，分子在溶剂中会有一些自组装行为，比如溶解度下降-析出结晶等等。或者一个分子的熔融状态，随着温度降低，分子会自发组装成晶体或无定形体。类似这样的自组装行为（主要是相变）用什么软件能够模拟呢？希望大家指导。谢谢。
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1楼 2019-07-01 09:29:10
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沙漠猎人

版主 (正式写手)
gromacs就可以
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qianqiuxue5683
www.modekeji.cn
2楼2019-07-01 12:46:49
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qianqiuxue5683

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 沙漠猎人 at 2019-07-01 12:46:49
gromacs就可以

谢谢，非常感谢。我试试。另外请问，Material Studio 可以做到这些吗？
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3楼2019-07-01 13:27:36
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wengxuanzhou

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by qianqiuxue5683 at 2019-07-01 13:27:36
谢谢，非常感谢。我试试。另外请问，Material Studio 可以做到这些吗？...

可以
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qianqiuxue5683
流水之为物也，不盈科不行！
4楼2019-07-02 10:21:31
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qianqiuxue5683

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by wengxuanzhou at 2019-07-02 10:21:31
可以...

谢谢回复。我试过MS中的几个模块，不是很理想。Amorphous Cell下建的盒子，在其中放入分子，无论如何也得不到自组装成的晶体结构，这个模块好像就是为无定形结构设计的；Polymorph模块下建的盒子（其实是个单胞），得到的总是晶体结构，其实这个模块就是预测晶体结构的，不算自组装。难道是用Forcite模块吗？用Amorphous Cell建好无定形盒子后，用Forcite跑了几次，感觉不算是真正的自组装，结构很乱。也许是我的参数设置不合理。再试试。多谢多谢。
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5楼2019-07-02 20:13:05
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wengxuanzhou

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by qianqiuxue5683 at 2019-07-02 20:13:05
谢谢回复。我试过MS中的几个模块，不是很理想。Amorphous Cell下建的盒子，在其中放入分子，无论如何也得不到自组装成的晶体结构，这个模块好像就是为无定形结构设计的；Polymorph模块下建的盒子（其实是个单胞）， ...

用介观方法，比如DPD，还有就是没那么简单就能出结果，你看文献可能觉得没啥，那也是人家花了很多精力搞出来的啊

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qianqiuxue5683
流水之为物也，不盈科不行！
6楼2019-07-02 21:31:10
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wengxuanzhou

铁虫 (小有名气)
AC只是建模的工具，forcite也可以，不过更难弄

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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qianqiuxue5683
流水之为物也，不盈科不行！
7楼2019-07-02 21:32:30
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qianqiuxue5683

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by wengxuanzhou at 2019-07-02 21:31:10
用介观方法，比如DPD，还有就是没那么简单就能出结果，你看文献可能觉得没啥，那也是人家花了很多精力搞出来的啊
...

非常有道理。我再试试DPD，多摸索一下。
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8楼2019-07-03 08:22:07
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qianqiuxue5683

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by wengxuanzhou at 2019-07-02 21:32:30
AC只是建模的工具，forcite也可以，不过更难弄

非常感谢您的回复。
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9楼2019-07-03 08:22:30
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svbh572

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wengxuanzhou at 2019-07-02 21:31:10
用介观方法，比如DPD，还有就是没那么简单就能出结果，你看文献可能觉得没啥，那也是人家花了很多精力搞出来的啊
...

请问下，如果参与自组装的不是小分子，而是纳米晶体棒，也可以用MS模拟出来吗？刚接触计算模拟，不是很懂，求教大神

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咕咕
10楼2019-07-29 22:09:51
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