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qianqiuxue5683

木虫 (正式写手)

[求助] 如何模拟分子自组装结果?

一个具有特定结构的分子,比如是萘环,把这样的分子放入特定溶剂中,随着温度降低,分子在溶剂中会有一些自组装行为,比如溶解度下降-析出结晶等等。或者一个分子的熔融状态,随着温度降低,分子会自发组装成晶体或无定形体。类似这样的自组装行为(主要是相变)用什么软件能够模拟呢?希望大家指导。谢谢。
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沙漠猎人

版主 (正式写手)

gromacs就可以

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

www.modekeji.cn
2楼2019-07-01 12:46:49
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qianqiuxue5683

木虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 沙漠猎人 at 2019-07-01 12:46:49
gromacs就可以

谢谢,非常感谢。我试试。另外请问,Material Studio 可以做到这些吗?
3楼2019-07-01 13:27:36
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wengxuanzhou

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by qianqiuxue5683 at 2019-07-01 13:27:36
谢谢,非常感谢。我试试。另外请问,Material Studio 可以做到这些吗?...

可以

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

流水之为物也,不盈科不行!
4楼2019-07-02 10:21:31
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qianqiuxue5683

木虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by wengxuanzhou at 2019-07-02 10:21:31
可以...

谢谢回复。我试过MS中的几个模块,不是很理想。Amorphous Cell下建的盒子,在其中放入分子,无论如何也得不到自组装成的晶体结构,这个模块好像就是为无定形结构设计的;Polymorph模块下建的盒子(其实是个单胞),得到的总是晶体结构,其实这个模块就是预测晶体结构的,不算自组装。难道是用Forcite模块吗?用Amorphous Cell建好无定形盒子后,用Forcite跑了几次,感觉不算是真正的自组装,结构很乱。也许是我的参数设置不合理。再试试。多谢多谢。
5楼2019-07-02 20:13:05
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wengxuanzhou

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by qianqiuxue5683 at 2019-07-02 20:13:05
谢谢回复。我试过MS中的几个模块,不是很理想。Amorphous Cell下建的盒子,在其中放入分子,无论如何也得不到自组装成的晶体结构,这个模块好像就是为无定形结构设计的;Polymorph模块下建的盒子(其实是个单胞), ...

用介观方法,比如DPD,还有就是没那么简单就能出结果,你看文献可能觉得没啥,那也是人家花了很多精力搞出来的啊

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流水之为物也,不盈科不行!
6楼2019-07-02 21:31:10
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wengxuanzhou

铁虫 (小有名气)

AC只是建模的工具,forcite也可以,不过更难弄

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

流水之为物也,不盈科不行!
7楼2019-07-02 21:32:30
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qianqiuxue5683

木虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by wengxuanzhou at 2019-07-02 21:31:10
用介观方法,比如DPD,还有就是没那么简单就能出结果,你看文献可能觉得没啥,那也是人家花了很多精力搞出来的啊
...

非常有道理。我再试试DPD,多摸索一下。
8楼2019-07-03 08:22:07
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qianqiuxue5683

木虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by wengxuanzhou at 2019-07-02 21:32:30
AC只是建模的工具,forcite也可以,不过更难弄

非常感谢您的回复。
9楼2019-07-03 08:22:30
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svbh572

金虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by wengxuanzhou at 2019-07-02 21:31:10
用介观方法,比如DPD,还有就是没那么简单就能出结果,你看文献可能觉得没啥,那也是人家花了很多精力搞出来的啊
...

请问下,如果参与自组装的不是小分子,而是纳米晶体棒,也可以用MS模拟出来吗?刚接触计算模拟,不是很懂,求教大神

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咕咕
10楼2019-07-29 22:09:51
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