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72219074

木虫 (小有名气)


[交流] ECD 计算经验小结

ECD计算在确定手性化合物的绝对构型方面,已经是非常成熟的方法了,即使影响因子非常低的杂志也要求计算ECD,从而确定绝对构型。我们长期为各大高校、科研单位提供这类计算服务,积累了一些经验,分享如下:
1.构象搜索时必须的,一般阈值设为3.0即可。
2.必须结合NOESY挑选合适的构象,不然计算结果跟实验结果可能不吻合。
3.优化时用常规基组如6-31G*就可以满足。
4.计算激发态时,TD-B3LYP,真空条件多很多体系都能得到比较好结果,有个别体系,需要尝试不同的方法,比如CAM-B3LYP,或者加上溶剂模型。
5.有些体系不管怎样计算,都很难吻合的很好,这时候可以适当提高能量阈值,比如设为5.0kcal/mol。
最后,欢迎感兴趣的同行交流。Thanks a lot.
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cngdkpmg

铁虫 (小有名气)



72219074(金币+5): 谢谢参与
构象搜索要看结构类型,简单的结构往往需要降低RMSD阈值。怎么计算都不好的情况是有的,但不多,主要还是构象搜索得不好。百度搜索【构象搜索教程 小分子构象搜索】。有三种搜索方式,针对不同类型的结构。
47楼2021-11-18 16:13:10
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Oliy

新虫 (正式写手)



72219074(金币+5): 谢谢参与
13楼2019-06-26 12:06:00
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youngen7楼
2019-06-26 07:31   回复  
72219074(金币+5): 谢谢参与
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2019-06-26 08:17   回复  
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