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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 求教精修小分子
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madamadadana

铁虫 (小有名气)

[交流] 求教精修小分子

最近得到的晶体都是有小分子无序的问题，包括乙腈等溶剂分子，OSO2CF3-等负离子。不知谁有精修这种小分子无序的方法，求教中……
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1楼 2009-05-23 22:24:33
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angellove3626

木虫 (著名写手)
下载个软件就可以吧
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用心改变生活
2楼2009-05-23 22:40:35
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zx53376876

木虫 (著名写手)
★ ★
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 5-24 11:47
madamadadana(金币+1,VIP+0):3x 5-25 15:46
得看看是怎么无序才行，不是说修就能修的
具体问题具体分析
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http://www.othello.cn/bbs/attachments/forumid_9/JY9e_1.gif
3楼2009-05-23 22:46:47
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madamadadana

铁虫 (小有名气)

huifu

不知道我是不是能够描述清楚：
乙腈分子是因为C-C-N的夹角只有64度，不知道怎样把位置调好。
OSO2CF3的问题是，只有一半的结构，之所以认定那个是OSO2CF3是因为如果要保持电荷平衡，只有这么一个负离子符合要求。
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4楼2009-05-24 08:34:27
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liutaone

木虫 (正式写手)
★
madamadadana(金币+1,VIP+0):3x 5-25 15:46
结构修正不能想当然，还需要考虑跟元素分析，光谱数据吻合的问题。
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5楼2009-05-24 08:45:54
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tornado858

金虫 (小有名气)
★
madamadadana(金币+1,VIP+0):3x 5-25 15:45
grow长出整个分子看看，如果电荷还不平衡再考虑找负离子，对称性比较高的时候出现半个分子的情况很常见，能grow出就是对的。你也可以试试降低对称性解，可以很清楚地判断游离的分子构型，再用platon升高，祝你成功
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6楼2009-05-24 13:27:45
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sshadow

铁虫 (初入文坛)
★
madamadadana(金币+1,VIP+0):3x 5-25 15:46
乙腈等溶剂分子无序的话，最简单的方法是用PLATON里面的SQUEEN去掉溶剂，如果你的溶剂对你整个的结构不重要的话。
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7楼2009-05-25 10:43:58
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zx53376876

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by madamadadana at 2009-5-24 08:34:
不知道我是不是能够描述清楚：
乙腈分子是因为C-C-N的夹角只有64度，不知道怎样把位置调好。
OSO2CF3的问题是，只有一半的结构，之所以认定那个是OSO2CF3是因为如果要保持电荷平衡，只有这么一个负离子符合要求。

键角可以用键长来限定，
如
dfix 1.45 0.02 C1 C2
dfix 1.45 0.02 N1C2
dfix 2.90 0.02 C1 N1
（其中的数字1.45，2.90 可以改）
下面的不明白，grow 在看看
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http://www.othello.cn/bbs/attachments/forumid_9/JY9e_1.gif
8楼2009-05-25 18:29:50
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