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shanks2017

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[求助] 追踪原子

想通过追踪原子坐标来计算泊松比，看了手册可以用dump命令输出原子坐标，关键是如何知道所选取的原子id?知道原子id后怎样输出它的坐标呢？

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1楼 2019-05-30 10:19:53

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kexing46

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dump可以custom选择输出指定group的id和xyz坐标

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shanks2017

2楼2019-05-30 13:47:56

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shanks2017

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引用回帖:

2楼: Originally posted by kexing46 at 2019-05-30 13:47:56
dump可以custom选择输出指定group的id和xyz坐标

你好，谢谢你的回复，我之前逛论坛看到有人发了下面这个，说是输出原子坐标的，分组然后输出原子坐标，他中间加了compute csel gsel com，这个的意思应该是计算原子坐标，但是我在手册上并没有找到这个相关的命令，你知道这个是什么意思吗？你说的输出指定原子的坐标跟这个一样吗？
group gsel id 1
compute csel gsel com
variable x equal c_csel[1]
variable y equal c_csel[2]
variable z equal c_csel[3]

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3楼2019-05-31 09:57:44

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