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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】gromacs运行的错误
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】gromacs运行的错误

请教：
我用gromacs跑一个蛋白配体复合物，不管是sd, cg, pr-md, mdrun都在运行几百步以后出现如下错误：
stepsize too small, or no change in energy
converged to machine precision.
好郁闷啊，请问这是什么原因？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:42 ]
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1楼 2009-05-21 10:12:40
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suny2005

木虫 (小有名气)
★ ★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 5-24 13:03
xuefei06(金币+1,VIP+0):3Q! 5-24 14:46
你的能量最小化正常结束了吗？可能是初始的结构离平衡比较远！
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2楼2009-05-22 18:16:25
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armeria

铁虫 (初入文坛)
★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 5-24 13:03
xuefei06(金币+1,VIP+0):3Q! 5-24 14:46
这个提示似乎是说您在进行能量最小化，运行几百步以后能量最小化完成了，请检查一下您的运行参数文件，就是.mdp文件，试一下把运行方式改成integrator=md以进行动力学模拟，看一看结果是否有变化。
赞一下(20人) 回复此楼
3楼2009-05-23 00:27:04
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