| 查看: 429 | 回复: 8 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
yongbinz金虫 (著名写手)
|
[交流]
【求助】求助：周期性边界模拟后没有氢键能部分？
|
||
|
我用MS模拟聚合物的聚集态，将3条高分子链放在一个周期性边界条件下进行分子模拟，分别经能量优化、几何优化和分子动力学优化后，数据列表中没有发现氢键能，请高手告知原因。是不是氢键的计算要另外设置呀？ Total enthalpy : 15274.343 kcal/mol Total energy : 15295.459 kcal/mol Temperature : 504.480 K Pressure : -0.004 GPa Volume : 36924.219 A^3 Density : 0.979 g/cm^3 Contributions to total energy (kcal/mol): Valence energy (diag. terms) : 10278.774 Bond : 3657.819 Angle : 3678.615 Torsion : 2711.663 Inversion : 230.678 Valence energy (cross terms) : 77.612 Stretch-Stretch : 225.128 Stretch-Bond-Stretch : -65.384 Stretch-Torsion-Stretch : 0.000 Separated-Stretch-Stretch : 0.000 Torsion-Stretch : 0.000 Bend-Bend : -40.082 Torsion-Bend-Bend : -42.050 Bend-Torsion-Bend : 0.000 Non-bond energy : 1549.700 Hydrogen bond : 0.000 van der Waals : 3169.431 Electrostatic : -1619.731 Cell parameters: a: 33.37 A b: 33.22 A c: 33.31 A alpha: 90.00 deg beta: 90.00 deg gamma: 90.00 deg 另外，我最后一步是用NPH进行的动力学优化，但优化后，温度怎么上升到了500K呢？我前一步NVT优化的温度可是300K呀/ 我刚接触这个软件不久，请大家不吝赐教！本人不胜感谢！ [ Last edited by freshgirl on 2009-6-20 at 12:20 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
有时候真觉得大城市人没有县城人甚至个体户幸福
已经有7人回复
-
天津大学招2026.09的博士生，欢迎大家推荐交流（博导是本人）
已经有3人回复
-
面上项目申报
已经有3人回复
-
酰胺脱乙酰基
已经有9人回复
-
CSC & MSCA 博洛尼亚大学能源材料课题组博士/博士后招生｜MSCA经费充足、排名优
已经有5人回复
-
博士延得我，科研能力直往上蹿
已经有7人回复
-
退学或坚持读
已经有27人回复
-
面上基金申报没有其他的参与者成吗
已经有5人回复
-
遇见不省心的家人很难过
已经有22人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
yongbinz
金虫 (著名写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 1180.2
- 散金: 1415
- 红花: 3
- 帖子: 1995
- 在线: 892.5小时
- 虫号: 428019
- 注册: 2007-08-01
- 专业: 文学理论
8楼2009-06-03 11:43:02
saitou
木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1506.5
- 散金: 8
- 帖子: 820
- 在线: 37.2小时
- 虫号: 464761
- 注册: 2007-11-21
- 性别: GG
- 专业: 水环境与生态水利
2楼2009-05-21 13:01:29
yongbinz
金虫 (著名写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 1180.2
- 散金: 1415
- 红花: 3
- 帖子: 1995
- 在线: 892.5小时
- 虫号: 428019
- 注册: 2007-08-01
- 专业: 文学理论
3楼2009-05-21 13:20:04
saitou
木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1506.5
- 散金: 8
- 帖子: 820
- 在线: 37.2小时
- 虫号: 464761
- 注册: 2007-11-21
- 性别: GG
- 专业: 水环境与生态水利
4楼2009-05-22 00:03:50