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yongbinz金虫 (著名写手)
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[交流]
【求助】求助：周期性边界模拟后没有氢键能部分？
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我用MS模拟聚合物的聚集态，将3条高分子链放在一个周期性边界条件下进行分子模拟，分别经能量优化、几何优化和分子动力学优化后，数据列表中没有发现氢键能，请高手告知原因。是不是氢键的计算要另外设置呀？ Total enthalpy : 15274.343 kcal/mol Total energy : 15295.459 kcal/mol Temperature : 504.480 K Pressure : -0.004 GPa Volume : 36924.219 A^3 Density : 0.979 g/cm^3 Contributions to total energy (kcal/mol): Valence energy (diag. terms) : 10278.774 Bond : 3657.819 Angle : 3678.615 Torsion : 2711.663 Inversion : 230.678 Valence energy (cross terms) : 77.612 Stretch-Stretch : 225.128 Stretch-Bond-Stretch : -65.384 Stretch-Torsion-Stretch : 0.000 Separated-Stretch-Stretch : 0.000 Torsion-Stretch : 0.000 Bend-Bend : -40.082 Torsion-Bend-Bend : -42.050 Bend-Torsion-Bend : 0.000 Non-bond energy : 1549.700 Hydrogen bond : 0.000 van der Waals : 3169.431 Electrostatic : -1619.731 Cell parameters: a: 33.37 A b: 33.22 A c: 33.31 A alpha: 90.00 deg beta: 90.00 deg gamma: 90.00 deg 另外，我最后一步是用NPH进行的动力学优化，但优化后，温度怎么上升到了500K呢？我前一步NVT优化的温度可是300K呀/ 我刚接触这个软件不久，请大家不吝赐教！本人不胜感谢！ [ Last edited by freshgirl on 2009-6-20 at 12:20 ] |
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