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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】求助：周期性边界模拟后没有氢键能部分？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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yongbinz

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】求助：周期性边界模拟后没有氢键能部分？

我用MS模拟聚合物的聚集态，将3条高分子链放在一个周期性边界条件下进行分子模拟，分别经能量优化、几何优化和分子动力学优化后，数据列表中没有发现氢键能，请高手告知原因。是不是氢键的计算要另外设置呀？
Total enthalpy                  : 15274.343 kcal/mol
Total energy                    : 15295.459 kcal/mol
Temperature                     :  504.480 K
Pressure                        :   -0.004 GPa
Volume                          : 36924.219 A^3
Density                         :    0.979 g/cm^3

Contributions to total energy (kcal/mol):
  Valence energy (diag. terms)  : 10278.774
    Bond                        : 3657.819
    Angle                       : 3678.615
    Torsion                     : 2711.663
    Inversion                   :  230.678
  Valence energy (cross terms)  :   77.612
    Stretch-Stretch             :  225.128
    Stretch-Bond-Stretch        :  -65.384
    Stretch-Torsion-Stretch     :    0.000
    Separated-Stretch-Stretch   :    0.000
    Torsion-Stretch             :    0.000
    Bend-Bend                   :  -40.082
    Torsion-Bend-Bend           :  -42.050
    Bend-Torsion-Bend           :    0.000
  Non-bond energy               : 1549.700
    Hydrogen bond               :    0.000
    van der Waals               : 3169.431
    Electrostatic               : -1619.731

Cell parameters:     a:  33.37 A       b:  33.22 A        c:  33.31 A
                 alpha:  90.00 deg  beta:  90.00 deg  gamma:  90.00 deg
另外，我最后一步是用NPH进行的动力学优化，但优化后，温度怎么上升到了500K呢？我前一步NVT优化的温度可是300K呀/

我刚接触这个软件不久，请大家不吝赐教！本人不胜感谢！

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-20 at 12:20 ]
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1楼 2009-05-21 09:45:28
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saitou

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
yongbinz(金币+15,VIP+0):谢谢呀！非常感谢！ 5-21 13:20
wuchenwf(金币+5,VIP+0):谢谢 5-21 21:34
1 不是没有氢键能，而是到了pcff和compass里氢键能不再作为单独的项列出，而这个条目是为了老的立场保留的。如果需要计算氢键能，可以使用其他办法，需要手动写perl脚本

2 NPH是不固定温度的吧，这和你之前用NVT平衡过是两码事。到了500k稳定那就是体系需要平衡到的状态，没有了热浴，温度保持不住也不奇怪
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不抛弃，不放弃
2楼2009-05-21 13:01:29
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yongbinz

金虫 (著名写手)

谢谢上面的热情回复！

引用回帖:
Originally posted by saitou at 2009-5-21 13:01:
1 不是没有氢键能，而是到了pcff和compass里氢键能不再作为单独的项列出，而这个条目是为了老的立场保留的。如果需要计算氢键能，可以使用其他办法，需要手动写perl脚本

2 NPH是不固定温度的吧，这和你之前用N ...

1您的意思是不是说，我的数据里的非键能部分就已经包括氢键能了，只是系统没有单独列出吗？
2虽然NPH不固定温度，但是经NPH模拟后的最终温度达500K，那么这个数据还能用吗？我的真实状态条件是300K的呀！
有时间的话，请您回复我，好吗？不胜感谢！
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3楼2009-05-21 13:20:04
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saitou

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
yongbinz(金币+15,VIP+0):谢谢回复！ 5-22 00:10
qasd(金币+2,VIP+0):谢谢~ 6-3 22:10
1 正是如此，所以要把氢键能再剔出来我还是只会用笨办法，哈哈

2 如果要求温度稳定于300k的话 or 温度的影响重大，不可随意，那么建议考虑包含T的系综，NPT、NVT==，我没有做过固定H的模拟，结果如何解释一时间没有头绪
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不抛弃，不放弃
4楼2009-05-22 00:03:50
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yongbinz

金虫 (著名写手)

非常感谢您的参与和回复！

非常感谢！谢谢您的百忙之中的回复！因为才接触这一块，今后可能还有很多问题，希望您能指教！哈哈！
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5楼2009-05-22 00:09:59
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466902981

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by saitou at 2009-5-22 00:03:
1 正是如此，所以要把氢键能再剔出来我还是只会用笨办法，哈哈

2 如果要求温度稳定于300k的话 or 温度的影响重大，不可随意，那么建议考虑包含T的系综，NPT、NVT==，我没有做过固定H的模拟，结果如何解释一时间 ...

请问怎么把氢键能踢出来呢？多谢了！
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6楼2009-06-01 17:54:30
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466902981

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
期待中！怎么计算氢键？请高手帮忙！
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7楼2009-06-03 11:24:41
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yongbinz

金虫 (著名写手)
我也想知道呀！
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8楼2009-06-03 11:43:02
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saitou

木虫 (正式写手)

氢键

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zdhlover(金币+1,VIP+0):谢谢，欢迎常来 6-5 00:19
说出来不要见笑：

把成氢键的3-4个原子（每边各1-2个，带H的2个）留下，其他原子删掉（用脚本编程），计算相互作用力=氢键能

当然也可以按照老力场的氢键能公式去计算，不过我不会
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不抛弃，不放弃
9楼2009-06-04 15:14:31
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