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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock对接以后蛋白质和小分子中都没有氢原子
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zhangyujin

铜虫 (正式写手)

[求助] autodock对接以后蛋白质和小分子中都没有氢原子

请问autodock对接以后蛋白质和小分子中都没有氢原子，是需要手动将对接后的体系加氢再输出结构吗？
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Hardworking!!
1楼 2019-05-10 09:34:12
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therotyonth

金虫 (正式写手)
分子对接确实是没有非极性氢原子的，使用原始蛋白pdb即可。小分子可以自动添加。

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2楼2019-05-10 10:39:15
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zhangyujin

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by therotyonth at 2019-05-10 10:39:15
分子对接确实是没有非极性氢原子的，使用原始蛋白pdb即可。小分子可以自动添加。

你好，谢谢回复。但是我想输出蛋白和小分子对接以后的整个体系的结构，打开对接结果显示受体和配体都是没有H的，这样的话是没法再导入原始蛋白的，而且你说的小分子自动添加H我也没有找到，你想表达的应该是手动加H吧？
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Hardworking!!
3楼2019-05-10 18:45:14
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therotyonth

金虫 (正式写手)
ADT里面有加氢操作的

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4楼2019-05-12 00:06:28
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