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汕头大学海洋科学接受调剂
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量子力学112

新虫 (正式写手)
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用过渡态理论计算反应速率
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请问用过渡态理论计算反应速率时，用过渡态TS-反应物得到的detaE和detaG，应该有如下关系:detaE＜detaG.第二点，在算detaG时，是不是得首先优化结构，优化好后，再来加入freq,计算G

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1楼 2019-05-07 10:50:00
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paramecium86

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计算过渡态的时候 opt=(calcfc,ts) 和freq 两个关键词同时用就可以 ，就可以再得到优化结构后直接进行振动分析进而得到各种热力学信息。  不需要先算一个opt任务再算freq任务。
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17楼2019-05-07 13:34:38
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量子力学112

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17楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-05-07 13:34:38
计算过渡态的时候 opt=(calcfc,ts) 和freq 两个关键词同时用就可以 ，就可以再得到优化结构后直接进行振动分析进而得到各种热力学信息。  不需要先算一个opt任务再算freq任务。

谢谢您的回复，还有一个问题，对于纯水条件下的计算速率k，可不可以在气相的ts基础上，加上关键字scrf找到的过渡态作为液相过渡态，用同样的方式来计算反应速率？

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18楼2019-05-07 16:30:53
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paramecium86

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18楼: Originally posted by 量子力学112 at 2019-05-07 03:30:53
谢谢您的回复，还有一个问题，对于纯水条件下的计算速率k，可不可以在气相的ts基础上，加上关键字scrf找到的过渡态作为液相过渡态，用同样的方式来计算反应速率？
...

算完气相的TS后 如果是加入隐式溶剂关键词。 可以就用气相中的结构算一个溶剂中的单点能，但是最好还是加入溶剂 用气相中结构作为初始结构再优化一次过渡态 . 因为可能隐式溶剂下 也会对结构有些影响。这样可以看看溶液中的反应机理是否气相中有区别。
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量子力学112
19楼2019-05-08 07:30:31
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量子力学112

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19楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-05-08 07:30:31
算完气相的TS后 如果是加入隐式溶剂关键词。 可以就用气相中的结构算一个溶剂中的单点能，但是最好还是加入溶剂 用气相中结构作为初始结构再优化一次过渡态 . 因为可能隐式溶剂下 也会对结构有些影响。这样可以看看 ...

您好，我在气相条件下的优化结构，与液相条件下(也就是加了隐性溶剂scrf条件下)的优化结构(包括过渡态，反应物，产物)并且包括液相下的irc都表明结构没有太大的区别！这种情况下，算液相的速率，需不需要考虑溶解自由能，以及矫正因子？

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20楼2019-05-08 10:38:39
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paramecium86

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20楼: Originally posted by 量子力学112 at 2019-05-07 21:38:39
您好，我在气相条件下的优化结构，与液相条件下(也就是加了隐性溶剂scrf条件下)的优化结构(包括过渡态，反应物，产物)并且包括液相下的irc都表明结构没有太大的区别！这种情况下，算液相的速率，需不需要考虑溶解自 ...

嗯 差异不大的话 用气相中结构就可以。 得到准确的分子在液相中的自由能是需要考虑溶解自由能的。 溶解自由能=隐式溶剂中的分子的单点能-气相中分子的单点能。     而在标况下（1atm 298k 1M）分子在溶剂中的自由能=气相下标准状态分子的自由能+溶解自由能+校正因子
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量子力学112
21楼2019-05-08 11:28:20
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量子力学112

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21楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-05-08 11:28:20
嗯 差异不大的话 用气相中结构就可以。 得到准确的分子在液相中的自由能是需要考虑溶解自由能的。 溶解自由能=隐式溶剂中的分子的单点能-气相中分子的单点能。     而在标况下（1atm 298k 1M）分子在溶剂中的自由能 ...

您好，请问您计算过无能垒反应没？

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22楼2019-05-19 09:30:59
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21楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-05-08 11:28:20
嗯 差异不大的话 用气相中结构就可以。 得到准确的分子在液相中的自由能是需要考虑溶解自由能的。 溶解自由能=隐式溶剂中的分子的单点能-气相中分子的单点能。     而在标况下（1atm 298k 1M）分子在溶剂中的自由能 ...

我做了H+H---->H2的一个一维扫描计算，发现当H个H原子相聚一定距离后，再拉大两者间的距离，自由能不会变化，是一条水平的直线！但是老师说，完全不可能，当距离拉大时，平动熵会进一步变大，所以自由能会有进一步变化，所以想请问您，对于无能垒反应，如H跟H直接反应就生成了H2，我们怎么计算？谢谢您，祝您生活愉快！

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23楼2019-05-19 09:38:28
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hdchina20102楼
2019-05-07 10:50   回复  
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187722771323楼
2019-05-07 10:54   回复  
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tzynew4楼
2019-05-07 10:54   回复  
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onesaid5楼
2019-05-07 10:54   回复  
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aichizhutide6楼
2019-05-07 10:55   回复  
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冬瓜涂涂7楼
2019-05-07 10:59   回复  
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weian1234568楼
2019-05-07 11:00   回复  
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LCQUN9楼
2019-05-07 11:01   回复  
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zfpd276610楼
2019-05-07 11:05   回复  
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爱人者人爱之11楼
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千里马常有12楼
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xiemin876113楼
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EdwardWK14楼
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剑阁闻铃15楼
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Nanfei00216楼
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