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铜虫 (正式写手)

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专业: 理论和计算化学

[交流] 【求助】从晶体库坐标到poscar？

各位好！我是在CCDC（剑桥晶体库）中找到萘晶体的晶体，导出的文件如下

data_NAPHTA
_symmetry_cell_setting          monoclinic
_symmetry_space_group_name_H-M 'P 21/a'
_symmetry_Int_Tables_number    14
loop_
_symmetry_equiv_pos_site_id
_symmetry_equiv_pos_as_xyz
1 x,y,z
2 1/2-x,1/2+y,-z
3 -x,-y,-z
4 1/2+x,1/2-y,z
_cell_length_a                8.235(5)
_cell_length_b                6.003(10)
_cell_length_c                8.658(10)
_cell_angle_alpha             90
_cell_angle_beta                122.92(8)
_cell_angle_gamma             90
_cell_volume                   359.281
loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
C1 C 0.0869 0.0153 0.325
C2 C 0.1133 0.16 0.2186
C3 C 0.0475 0.1017 0.0344
C4 C 0.0744 0.2469 -0.0792
C5 C -0.01 -0.1867 0.2536
C3B C -0.0475 -0.1017 -0.0344
C5B C 0.01 0.1867 -0.2536
C4B C -0.0744 -0.2469 0.0792
C2B C -0.1133 -0.16 -0.2186
C1B C -0.0869 -0.0153 -0.325 （这是坐标的一部分）
最终我想用vasp计算相应的值，那么我现在面临的一个问题就是如何把坐标导入poscar中，要通过ms吗，还是怎么样？请指点！

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1楼 2009-05-19 20:25:23

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405963512

铜虫 (正式写手)

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引用回帖:

Originally posted by sars518 at 2009-5-19 22:06:
先建模再输出相应坐标然后写入POSCAR

谢谢先~我再问一下细节~你是书说根据他的空间群和三维基矢先做出格子，再按照坐标填入原子吗？但是查到的萘晶体有一百多个原子，虽是对称的但是我要挨个输入吗？谢谢！
ps:我是做化学的，觉得vasp和化学还是有所差别，晶包中分子很多，所以希望您能帮助我！

大家有做化学的吗，有机的，这方面用vasp有什么心得啊？