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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】从晶体库坐标到poscar？
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405963512

铜虫 (正式写手)

[交流] 【求助】从晶体库坐标到poscar？

各位好！我是在CCDC（剑桥晶体库）中找到萘晶体的晶体，导出的文件如下
                                          
data_NAPHTA                                
_symmetry_cell_setting           monoclinic
_symmetry_space_group_name_H-M   'P 21/a'  
_symmetry_Int_Tables_number      14        
loop_                                      
_symmetry_equiv_pos_site_id               
_symmetry_equiv_pos_as_xyz                 
1 x,y,z                                    
2 1/2-x,1/2+y,-z                           
3 -x,-y,-z                                 
4 1/2+x,1/2-y,z                           
_cell_length_a                   8.235(5)  
_cell_length_b                   6.003(10)
_cell_length_c                   8.658(10)
_cell_angle_alpha                90        
_cell_angle_beta                 122.92(8)
_cell_angle_gamma                90        
_cell_volume                     359.281   
loop_                                      
_atom_site_label                           
_atom_site_type_symbol                     
_atom_site_fract_x                        
_atom_site_fract_y                        
_atom_site_fract_z                        
C1 C 0.0869 0.0153 0.325                  
C2 C 0.1133 0.16 0.2186                    
C3 C 0.0475 0.1017 0.0344                  
C4 C 0.0744 0.2469 -0.0792                 
C5 C -0.01 -0.1867 0.2536                  
C3B C -0.0475 -0.1017 -0.0344              
C5B C 0.01 0.1867 -0.2536                  
C4B C -0.0744 -0.2469 0.0792               
C2B C -0.1133 -0.16 -0.2186               
C1B C -0.0869 -0.0153 -0.325 （这是坐标的一部分）              
最终我想用vasp计算相应的值，那么我现在面临的一个问题就是如何把坐标导入poscar中，要通过ms吗，还是怎么样？请指点！
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1楼 2009-05-19 20:25:23
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sars518

木虫 (著名写手)

小木虫灌水大队队长
★ ★
405963512(金币+1,VIP+0): 5-20 08:59
aylayl08(金币+1):谢谢 2010-02-18 10:21
先建模  再输出相应坐标  然后 写入POSCAR
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人生是一场旅行，在欣赏风景的同时，别忘了你也是别人的风景。
2楼2009-05-19 22:06:38
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
★ ★
405963512(金币+1,VIP+0): 5-20 08:59
qasd(金币+1,VIP+0):xiexie~ 5-20 23:00
这个单斜晶系的晶胞，应该很简单就可以写成poscar的。
当然MS更方便一些。就像楼上说的那样弄
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3楼2009-05-19 23:25:25
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405963512

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by sars518 at 2009-5-19 22:06:
先建模  再输出相应坐标  然后 写入POSCAR

谢谢先~我再问一下细节~你是书说根据他的空间群和三维基矢先做出格子，再按照坐标填入原子吗？但是查到的萘晶体有一百多个原子，虽是对称的但是我要挨个输入吗？谢谢！
ps:我是做化学的，觉得vasp和化学还是有所差别，晶包中分子很多，所以希望您能帮助我！


大家有做化学的吗，有机的，这方面用vasp有什么心得啊？
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4楼2009-05-20 09:04:32
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sars518

木虫 (著名写手)

小木虫灌水大队队长
嗯，有机的我没做过，主要做无机

napthalene.msi   是这个吧  C 20 H 16      ？

如果是的话，MS 里面有结构  可以直接导入 再建超胞

[ Last edited by sars518 on 2009-5-20 at 18:33 ]
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人生是一场旅行，在欣赏风景的同时，别忘了你也是别人的风景。
5楼2009-05-20 18:20:07
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化学小工

木虫 (正式写手)
★
qasd(金币+1,VIP+0):xiexie~ 5-20 23:01
引用回帖:
Originally posted by 405963512 at 2009-5-20 09:04:

谢谢先~我再问一下细节~你是书说根据他的空间群和三维基矢先做出格子，再按照坐标填入原子吗？但是查到的萘晶体有一百多个原子，虽是对称的但是我要挨个输入吗？谢谢！
ps:我是做化学的，觉得vasp和化学还是有 ...

随便做一个ms模型，用word打开，然后把你的东西按照坐标格式输入进去，然后再用ms打开，根据对称性自己调整，应该不麻烦
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6楼2009-05-20 19:54:08
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405963512

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 化学小工 at 2009-5-20 19:54:

随便做一个ms模型，用word打开，然后把你的东西按照坐标格式输入进去，然后再用ms打开，根据对称性自己调整，应该不麻烦

先谢谢你朋友，但是你的方法还真是没有听过，能给我个具体的步骤吗，把ms中的什么放到word呢？还有，然后怎么加坐标啊？谢谢！
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7楼2009-05-21 08:11:08
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化学小工

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
wuchenwf(金币+3,VIP+0):谢谢 5-21 21:57
引用回帖:
Originally posted by 405963512 at 2009-5-21 08:11:

先谢谢你朋友，但是你的方法还真是没有听过，能给我个具体的步骤吗，把ms中的什么放到word呢？还有，然后怎么加坐标啊？谢谢！

哈哈，这个方法也不算什么方法，只是利用ms软件的生成文件的格式。（因为只有按照这个格式，软件才能正常读出来），输入你要的原子与坐标，哦，保存成pdb文件就好了。这个很简单，你也可以根据你的结构在buildcrystal里面慢慢生成：），随便的，看你感觉哪个方便
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8楼2009-05-21 15:30:09
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wjhwoods

铜虫 (正式写手)
学习学习了学习学习了
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9楼2010-02-05 05:48:59
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405963512

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 化学小工 at 2009-05-21 15:30:09:

哈哈，这个方法也不算什么方法，只是利用ms软件的生成文件的格式。（因为只有按照这个格式，软件才能正常读出来），输入你要的原子与坐标，哦，保存成pdb文件就好了。这个很简单，你也可以根据你的结构在buil ...

朋友，你说的这个方法对我很有用，但是还是没看明白你能给我个简单的例子吗，谢谢了！
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10楼2010-02-05 10:58:27
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