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分子对接和分子动力学模拟的区别?
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| 如题,请教各位大神,分子对接和分子动力学模拟的主要区别是什么呀?二者侧重解决的问题分别主要是什么呢? |
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2楼2019-04-24 21:58:26
3楼2019-04-25 13:39:53

4楼2019-04-25 16:31:42

5楼2019-04-25 16:33:07
6楼2019-05-24 18:12:49
【答案】应助回帖
| 简单来说,分子对接给你提供了可能的粗糙的结合模式,因为对接过程中,受体是刚性的,溶剂是没有的。分子动力学,则是整个体系都可运动起来,且考虑了溶剂效应,从给定的初始构象出发,对它进行模拟,寻找更合理的结合模式。因此,在这个层面上讲,可以说分子动力学是高级的分子对接。要研究大分子与小分子的相互作用,常规流程是:先对接得到复合物,再跑动力学让其充分适应,获得更合理更稳定的构象。分子动力学操作复杂、计算量大,比分子对接麻烦很多。不过,楼主可以搜索一下【蛋白/核酸/多肽-小分子对接(DOCK6)】和【分子动力学教程 分子动力学模拟(Amber 20)】计算教程,对原来的命令行操作做了Web开发,用浏览器就可以访问使用,不用安装任何软件,操作非常简单,分析功能非常强大,不妨试试。 |
7楼2021-12-03 15:37:26













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YY_wu
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