应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 网络生活区 » 有奖问答 » 学术帮助 » 分子对接和分子动力学模拟的区别？
71/1返回列表
查看: 6305  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

YY_wu

金虫 (小有名气)

[求助] 分子对接和分子动力学模拟的区别？

如题，请教各位大神，分子对接和分子动力学模拟的主要区别是什么呀？二者侧重解决的问题分别主要是什么呢？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
我知道你会来，所以我在等。
1楼 2019-04-23 17:21:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (正式写手)
本帖仅楼主可见
赞一下

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

YY_wu
2楼2019-04-24 21:58:26
已阅   申请博学EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
分子对接主要分析预测结合位点，分子动力学是分析结合构象稳定性

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

YY_wu
3楼2019-04-25 13:39:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

YY_wu

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 芝麻开花 at 2019-04-24 21:58:26
局部和整体，分子对接针对某一活性位点，分子模拟是整个体系

意思是我不知道活性位点的话，就只能做分子模拟吗？
赞一下 回复此楼
我知道你会来，所以我在等。
4楼2019-04-25 16:31:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

YY_wu

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by longdlut at 2019-04-25 13:39:53
分子对接主要分析预测结合位点，分子动力学是分析结合构象稳定性

我做已知大分子和小分子的相互作用方式，应该做分子动力学吗？是不是分子动力学比分子对接麻烦很多呢
赞一下 回复此楼
我知道你会来，所以我在等。
5楼2019-04-25 16:33:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by YY_wu at 2019-04-25 16:33:07
我做已知大分子和小分子的相互作用方式，应该做分子动力学吗？是不是分子动力学比分子对接麻烦很多呢...

看你需要解决的问题和精力，最好看文章然后决定
赞一下 回复此楼
6楼2019-05-24 18:12:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

一代米哟

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

简单来说，分子对接给你提供了可能的粗糙的结合模式，因为对接过程中，受体是刚性的，溶剂是没有的。分子动力学，则是整个体系都可运动起来，且考虑了溶剂效应，从给定的初始构象出发，对它进行模拟，寻找更合理的结合模式。因此，在这个层面上讲，可以说分子动力学是高级的分子对接。要研究大分子与小分子的相互作用，常规流程是：先对接得到复合物，再跑动力学让其充分适应，获得更合理更稳定的构象。分子动力学操作复杂、计算量大，比分子对接麻烦很多。不过，楼主可以搜索一下【蛋白/核酸/多肽-小分子对接(DOCK6)】和【分子动力学教程 分子动力学模拟（Amber 20）】计算教程，对原来的命令行操作做了Web开发，用浏览器就可以访问使用，不用安装任何软件，操作非常简单，分析功能非常强大，不妨试试。
赞一下 回复此楼
7楼2021-12-03 15:37:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 YY_wu 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] A区一本交叉课题组，低分调剂，招收机械电子信息通信等交叉方向 +12 lisimayy 2026-03-04 20/1000 2026-03-05 16:48 by hhjghh
[考研] 301求调剂 +4 李LJR 2026-03-04 4/200 2026-03-05 13:31 by Iveryant
[考研] 一志愿东北大学080500，英一数二343分求调剂 +5 Seele_v5 2026-03-04 5/250 2026-03-05 13:26 by Iveryant
[考研] 274环境工程求调剂 +6 扶柳盈江 2026-03-05 6/300 2026-03-05 13:16 by 梦天888
[考研] 085600材料与化工（高分子）290分求调剂 +8 wengyujian 2026-03-04 8/400 2026-03-05 08:37 by 学员8dgXkO
[考研] 085600 材料与化工 298 +14 小西笑嘻嘻 2026-03-03 14/700 2026-03-04 16:23 by sslc1985
[考研] 295求调剂 +4 小赛不吃香菜 2026-03-04 4/200 2026-03-04 16:13 by sslc1985
[考研] 材料325求调剂 30+5 mariusuki 2026-03-02 10/500 2026-03-04 09:24 by njzyff
[论文投稿] EST拒稿重投 5+3 15102603076 2026-03-02 3/150 2026-03-04 00:51 by bobvan
[考研] 306求调剂 +7 张张张张oo 2026-03-03 7/350 2026-03-03 21:35 by L135790
[考研] 0703化学306调剂 +4 26要上岸 2026-03-03 4/200 2026-03-03 20:08 by yoyohj0427
[考研] 一志愿华中科技大学，化学专业344分，求调剂 +6 邢xing1 2026-03-02 6/300 2026-03-03 15:46 by stewie_jz
[考研] 高分子化学与物理调剂 +6 好好好1233 2026-02-28 16/800 2026-03-03 00:36 by 好好好1233
[考研] 0856材料调剂 +5 沿岸有贝壳OUC 2026-03-02 5/250 2026-03-02 20:31 by hypershenger
[考研] 265分求调剂不调专业和学校有行学上就 +6 礼堂丁真258 2026-02-28 9/450 2026-03-02 12:04 by 52hz~~
[考研] 一志愿郑大材料学硕298分，求调剂 +6 wsl111 2026-03-01 6/300 2026-03-02 11:00 by ydudjddnd
[考研] 材料调剂 +6 爱擦汗的可乐冰 2026-02-28 7/350 2026-03-02 10:42 by Jy?
[考博] 26申博 +4 想申博！ 2026-02-26 6/300 2026-03-01 17:32 by 想申博！
[论文投稿] 求助coordination chemistry reviews 的写作模板 10+3 ljplijiapeng 2026-02-27 4/200 2026-03-01 09:07 by babero
[考研] 307求调剂 +4 73372112 2026-02-28 6/300 2026-03-01 00:04 by ll247
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭