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YY_wu

金虫 (小有名气)

[求助] 分子对接和分子动力学模拟的区别?

如题,请教各位大神,分子对接和分子动力学模拟的主要区别是什么呀?二者侧重解决的问题分别主要是什么呢?
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匿名

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2楼2019-04-24 21:58:26
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longdlut

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分子对接主要分析预测结合位点,分子动力学是分析结合构象稳定性

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3楼2019-04-25 13:39:53
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YY_wu

金虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 芝麻开花 at 2019-04-24 21:58:26
局部和整体,分子对接针对某一活性位点,分子模拟是整个体系

意思是我不知道活性位点的话,就只能做分子模拟吗?
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4楼2019-04-25 16:31:42
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YY_wu

金虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by longdlut at 2019-04-25 13:39:53
分子对接主要分析预测结合位点,分子动力学是分析结合构象稳定性

我做已知大分子和小分子的相互作用方式,应该做分子动力学吗?是不是分子动力学比分子对接麻烦很多呢
我知道你会来,所以我在等。
5楼2019-04-25 16:33:07
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longdlut

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【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by YY_wu at 2019-04-25 16:33:07
我做已知大分子和小分子的相互作用方式,应该做分子动力学吗?是不是分子动力学比分子对接麻烦很多呢...

看你需要解决的问题和精力,最好看文章然后决定
6楼2019-05-24 18:12:49
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一代米哟

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

简单来说,分子对接给你提供了可能的粗糙的结合模式,因为对接过程中,受体是刚性的,溶剂是没有的。分子动力学,则是整个体系都可运动起来,且考虑了溶剂效应,从给定的初始构象出发,对它进行模拟,寻找更合理的结合模式。因此,在这个层面上讲,可以说分子动力学是高级的分子对接。要研究大分子与小分子的相互作用,常规流程是:先对接得到复合物,再跑动力学让其充分适应,获得更合理更稳定的构象。分子动力学操作复杂、计算量大,比分子对接麻烦很多。不过,楼主可以搜索一下【蛋白/核酸/多肽-小分子对接(DOCK6)】和【分子动力学教程 分子动力学模拟(Amber 20)】计算教程,对原来的命令行操作做了Web开发,用浏览器就可以访问使用,不用安装任何软件,操作非常简单,分析功能非常强大,不妨试试。
7楼2021-12-03 15:37:26
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