应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 网络生活区 » 有奖问答 » 学术帮助 » 分子对接和分子动力学模拟的区别？
71/1返回列表
查看: 6306  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

YY_wu

金虫 (小有名气)

[求助] 分子对接和分子动力学模拟的区别？

如题，请教各位大神，分子对接和分子动力学模拟的主要区别是什么呀？二者侧重解决的问题分别主要是什么呢？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
我知道你会来，所以我在等。
1楼 2019-04-23 17:21:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (正式写手)
本帖仅楼主可见
赞一下

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

YY_wu
2楼2019-04-24 21:58:26
已阅   申请博学EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
分子对接主要分析预测结合位点，分子动力学是分析结合构象稳定性

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

YY_wu
3楼2019-04-25 13:39:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

YY_wu

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 芝麻开花 at 2019-04-24 21:58:26
局部和整体，分子对接针对某一活性位点，分子模拟是整个体系

意思是我不知道活性位点的话，就只能做分子模拟吗？
赞一下 回复此楼
我知道你会来，所以我在等。
4楼2019-04-25 16:31:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

YY_wu

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by longdlut at 2019-04-25 13:39:53
分子对接主要分析预测结合位点，分子动力学是分析结合构象稳定性

我做已知大分子和小分子的相互作用方式，应该做分子动力学吗？是不是分子动力学比分子对接麻烦很多呢
赞一下 回复此楼
我知道你会来，所以我在等。
5楼2019-04-25 16:33:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by YY_wu at 2019-04-25 16:33:07
我做已知大分子和小分子的相互作用方式，应该做分子动力学吗？是不是分子动力学比分子对接麻烦很多呢...

看你需要解决的问题和精力，最好看文章然后决定
赞一下 回复此楼
6楼2019-05-24 18:12:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

一代米哟

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

简单来说，分子对接给你提供了可能的粗糙的结合模式，因为对接过程中，受体是刚性的，溶剂是没有的。分子动力学，则是整个体系都可运动起来，且考虑了溶剂效应，从给定的初始构象出发，对它进行模拟，寻找更合理的结合模式。因此，在这个层面上讲，可以说分子动力学是高级的分子对接。要研究大分子与小分子的相互作用，常规流程是：先对接得到复合物，再跑动力学让其充分适应，获得更合理更稳定的构象。分子动力学操作复杂、计算量大，比分子对接麻烦很多。不过，楼主可以搜索一下【蛋白/核酸/多肽-小分子对接(DOCK6)】和【分子动力学教程 分子动力学模拟（Amber 20）】计算教程，对原来的命令行操作做了Web开发，用浏览器就可以访问使用，不用安装任何软件，操作非常简单，分析功能非常强大，不妨试试。
赞一下 回复此楼
7楼2021-12-03 15:37:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 YY_wu 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085602高分子方向求调剂 +3 tlgudy 2026-03-04 3/150 2026-03-05 20:40 by houyaoxu
[考研] 欢迎采矿、地质、岩土、计算机、人工智能等专业的同学报考 +10 pin8023 2026-02-28 13/650 2026-03-05 18:54 by 3367308522
[考研] 274环境工程求调剂 +6 扶柳盈江 2026-03-05 6/300 2026-03-05 13:16 by 梦天888
[考研] 085701环境工程 求调剂 +7 xiiiia 2026-03-04 7/350 2026-03-05 09:49 by 热情沙漠
[论文投稿] 主编终审卡者不动 100+4 Stray2021 2026-03-03 4/200 2026-03-05 08:04 by bdhaoxiang
[考研] 264求调剂 +8 26调剂 2026-03-03 8/400 2026-03-04 20:50 by 一切OK
[考研] 267化工调剂求助 +5 聪少OZ 2026-03-04 5/250 2026-03-04 20:33 by kakakapanpan
[考研] 求调剂 +7 博斯特525 2026-03-04 7/350 2026-03-04 18:09 by houyaoxu
[考研] 291求调剂 +3 咕噜咕噜123123 2026-03-02 4/200 2026-03-04 08:39 by 每天只摆一小会
[考博] 26申博 求博导 +3 爱读书的小帅 2026-02-28 5/250 2026-03-03 22:17 by 远方13579
[考研] 276求调剂 +8 路lyh123 2026-02-28 10/500 2026-03-03 18:25 by xin吖
[考研] 298求调剂 +3 人间唯你是清欢 2026-03-03 4/200 2026-03-03 18:09 by ms629
[论文投稿] 通讯作者写谁，问题是你意想不到的问题 15+3 阿尔法啊 2026-03-01 3/150 2026-03-03 09:13 by 北京莱茵润色
[考研] 材料284求调剂，一志愿郑州大学英一数二专硕 +15 想上岸的土拨鼠 2026-02-28 15/750 2026-03-02 20:13 by hypershenger
[考研] 275求调剂 +7 明远求学 2026-03-01 7/350 2026-03-02 19:22 by zhukairuo
[考博] 诚招农业博士 +3 心欣向荣 2026-02-28 3/150 2026-03-02 13:33 by 时间不狗
[考研] 284求调剂 +10 天下熯 2026-02-28 11/550 2026-03-02 11:03 by 无际的草原
[考研] 264求调剂 +4 巴拉巴拉根556 2026-02-28 4/200 2026-03-02 10:48 by yuchj
[考研] 279求调剂 +3 dua1 2026-03-01 4/200 2026-03-02 00:23 by 大脸蛋子
[考研] 化工299分求调剂 一志愿985落榜 +5 嘻嘻(*^ω^*) 2026-03-01 5/250 2026-03-01 19:47 by 无际的草原
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭