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YY_wu

金虫 (小有名气)

[求助] 分子对接和分子动力学模拟的区别？

如题，请教各位大神，分子对接和分子动力学模拟的主要区别是什么呀？二者侧重解决的问题分别主要是什么呢？
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我知道你会来，所以我在等。
1楼 2019-04-23 17:21:04
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匿名

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YY_wu
2楼2019-04-24 21:58:26
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
分子对接主要分析预测结合位点，分子动力学是分析结合构象稳定性

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YY_wu
3楼2019-04-25 13:39:53
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YY_wu

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 芝麻开花 at 2019-04-24 21:58:26
局部和整体，分子对接针对某一活性位点，分子模拟是整个体系

意思是我不知道活性位点的话，就只能做分子模拟吗？
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我知道你会来，所以我在等。
4楼2019-04-25 16:31:42
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YY_wu

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by longdlut at 2019-04-25 13:39:53
分子对接主要分析预测结合位点，分子动力学是分析结合构象稳定性

我做已知大分子和小分子的相互作用方式，应该做分子动力学吗？是不是分子动力学比分子对接麻烦很多呢
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我知道你会来，所以我在等。
5楼2019-04-25 16:33:07
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by YY_wu at 2019-04-25 16:33:07
我做已知大分子和小分子的相互作用方式，应该做分子动力学吗？是不是分子动力学比分子对接麻烦很多呢...

看你需要解决的问题和精力，最好看文章然后决定
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6楼2019-05-24 18:12:49
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一代米哟

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

简单来说，分子对接给你提供了可能的粗糙的结合模式，因为对接过程中，受体是刚性的，溶剂是没有的。分子动力学，则是整个体系都可运动起来，且考虑了溶剂效应，从给定的初始构象出发，对它进行模拟，寻找更合理的结合模式。因此，在这个层面上讲，可以说分子动力学是高级的分子对接。要研究大分子与小分子的相互作用，常规流程是：先对接得到复合物，再跑动力学让其充分适应，获得更合理更稳定的构象。分子动力学操作复杂、计算量大，比分子对接麻烦很多。不过，楼主可以搜索一下【蛋白/核酸/多肽-小分子对接(DOCK6)】和【分子动力学教程 分子动力学模拟（Amber 20）】计算教程，对原来的命令行操作做了Web开发，用浏览器就可以访问使用，不用安装任何软件，操作非常简单，分析功能非常强大，不妨试试。
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7楼2021-12-03 15:37:26
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