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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】ms里如何控制水分子键角
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cassie0795

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】ms里如何控制水分子键角

请问在ms里面怎么样用rattle程序控制水分子的键角为104.5度呢？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:24 ]
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1楼 2009-05-16 17:56:26
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

dolphin100

木虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 5-25 09:59
比如固定键长 或者键角， 直接设置
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Constanteffortscanyieldsuresuccess!
7楼2009-05-24 20:36:49
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普通回帖

guosy1999

木虫 (正式写手)

中纪委反2协会督导员
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 5-17 15:08
为什么要用程序来控制呢？这个rattle程序我不了解。。

画出的水分子可以通过修改键长健角项来随意设定键长健角，或通过左边properties里的对应项进行修改。

或者直接进行优化就会得到水分子的键角位104.57度
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少年不识愁滋味，为赋新词强说愁。
2楼2009-05-17 09:38:37
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 5-17 15:08
可以直接rattle键角，或者引用水分子的模型
help里搜rattle有详细的解释
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3楼2009-05-17 10:20:28
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cassie0795

金虫 (小有名气)
谢谢两位的回答，可是怎么发放金币给你们呢？
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4楼2009-05-18 13:07:01
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dolphin100

木虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 5-22 14:09
直接限制不就可以吗？fix一下
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Constanteffortscanyieldsuresuccess!
5楼2009-05-21 12:14:33
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cassie0795

金虫 (小有名气)
怎么能限制呢？
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6楼2009-05-22 11:48:14
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cassie0795

金虫 (小有名气)
这样固定了那他做动力学的时候会不会变啊？
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8楼2009-05-25 12:14:23
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dolphin100

木虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 5-25 20:13
固定了，MD的时候肯定不会变化的 所以也是约束性的MD
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Constanteffortscanyieldsuresuccess!
9楼2009-05-25 13:53:18
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cassie0795

金虫 (小有名气)
怎么引用水分子的模型？
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10楼2009-09-02 12:21:20
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