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yjcmwgk禁虫 (文坛精英)
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【求助】关于cubegen的立方区域大小问题
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各位Gaussian高手： 最近计算了一个分子轨道，是反键轨道。在linux下使用的命令如下： cubegen 0 mo=29 xxx.fchk yyy.cube 100 h 但是发现分子轨道图的大小超过了立方区域的大小。如图（isovalue=0.02） Gaussian说明文件中讲到可以通过手工建立输入文件的方法来得到自定义的立方区域，但是语焉不详，不知道如何建立输入文件，并将自己建立的立方格子输入文件加入到cubegen命令中去。此处请教高人指教，非常感谢！ 又及：增大isovalue可以解决问题，但是我不想这样做。我希望的是不改变isovalue的前提下，如何通过增大立方格子的大小来得到完整的轨道图？谢谢各位高手！！ A value of -1 says to read the cube specification from the input stream, according to the following format: IFlag, X0, Y0, Z0 Output unit number and initial point. N1, X1, Y1, Z1 Number of points and step-size in the X-direction. N2, X2, Y2, Z2 Number of points and step-size in the Y-direction. N3, X3, Y3, Z3 Number of points and step-size in the Z-direction. 又又及： 下面的是高斯03使用手册中的话语。我能看懂，但是不会用： IFlag is the output unit number. If IFlag is less than 0, then a formatted file will be produced; otherwise, an unformatted file will be written. If N1<0 the input cube coordinates are assumed to be in Bohr, otherwise, they are interpreted as Angstroms. |N1| is used as the number of X-direction points in any case; N2 and N3 specify the number of points in the Y and Z directions, respectively. Note that the three axes are used exactly as specified; they are not orthogonalized, so the grid need not be rectangular. The value -5 says to read in an arbitrary list of points from standard input. If you enter this input by hand, terminate the input with an end-of-file (i.e., ^D under Unix). Alternatively, you can redirect standard input to a file containing the list of points (do not place a blank line or ^D at the end of the file). [ Last edited by yjcmwgk on 2009-11-26 at 13:45 ] |
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2楼2009-05-16 15:44:09
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立方区域大小问题
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yjcmwgk(金币+5,VIP+0):极为感谢！ 5-16 16:37
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 5-17 15:13
yjcmwgk(金币+5,VIP+0):极为感谢！ 5-16 16:37
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 5-17 15:13
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我没有在linux下使用的经验，我在WINDOWS下遇到这种情况是这样解决的。 当选定了格点总数之后，cubegen会自动根据所计算的分子空间大小，确定起始点和步长，通常都是可以把MO都装得进去的。 但对你算的反键轨道，MO会有超常的弥散，空间选定就不够用了，需要使用关键字cube=(Orbitals,cards)，来指定cube的格点数、初始点、步长。如： # HF/6-311++G** POP=FULL IOP(6/7=3) cube=(Orbitals,cards) H2-LUMO 0,1 1 0.0 0.0 0.0 1 0.735396 0.0 0.0 H2-MO2-CUB.cube -51 -8.0 -8.0 -8.0 80 0.200 0.000 0.000 80 0.000 0.200 0.000 80 0.000 0.000 0.200 2 这是一个H2分子反键轨道的例子。 在成键时，起点取-2就可以了，现在取到了-8，才能将图装下。 linux也应有相应的操作吧。 [ Last edited by zhou2009 on 2009-5-16 at 16:36 ] |
5楼2009-05-16 16:21:15
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