24小时热门版块排行榜    

查看: 1994  |  回复: 3
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

凌枫霜叶

木虫 (小有名气)

[求助] OpenBabel 计算电荷,LAMMPS data file,OPLS-AA/Amber力场

我在使用OPENBABEL GUI将分子pdb, mol2等格式文件转化成LAMMPS data file,请问原子电荷怎么计算?有人用过OPENBABEL吗?或者大家有好的生成lammps data file的好方法吗?体系很大,上万个原子,分子的部分电荷很难手动修改。求各位帮助,不胜感谢!
回复此楼
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

S-Loser

新虫 (正式写手)

我用的VMD,转出来没有键角信息,电荷的话,我不知道

发自小木虫Android客户端
4楼2019-04-05 09:12:16
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

S-Loser

新虫 (正式写手)

2楼2019-04-03 19:12:49
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

凌枫霜叶

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by S-Loser at 2019-04-03 19:12:49
你是怎么转的data啊

用的OpenBabel,,请问你用什么软件转格式?需要手动在data文件里修改电荷信息吗?
3楼2019-04-05 01:59:40
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:34 by XQNyDCa1Tk5n
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 22:11 by XQNyDCa1Tk5n
[基金申请] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了,离AI做有机合成还有多远? +3 wangyl_123 2026-10-10 6/300 2026-10-11 15:04 by Abin0406
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 14:25 by VOMexwnDzOFZ
[教师之家] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:54 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:34 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷!
[教师之家] 课题组会帮你通过考核么? +3 好运来~9527 2026-10-10 5/250 2026-10-11 09:00 by 好运来~9527
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 4/200 2026-10-11 03:14 by M0zrYVSAnxpE
[有机交流] 各位大佬,路线设计求助 +6 zapen 2026-10-08 8/400 2026-10-10 15:59 by zapen
[基金申请] 入职后第一次管课题组的专利缴费,对账才发现官费比别人多掏了一倍 +5 13108017953 2026-10-08 5/250 2026-10-10 11:15 by wdwd123
[有机交流] 我应该选哪条合成路线让实验成功率高一些? +5 jing816y 2026-10-08 9/450 2026-10-10 09:05 by zapen
信息提示
请填处理意见