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凌枫霜叶

木虫 (小有名气)

[求助] OpenBabel 计算电荷,LAMMPS data file,OPLS-AA/Amber力场

我在使用OPENBABEL GUI将分子pdb, mol2等格式文件转化成LAMMPS data file,请问原子电荷怎么计算?有人用过OPENBABEL吗?或者大家有好的生成lammps data file的好方法吗?体系很大,上万个原子,分子的部分电荷很难手动修改。求各位帮助,不胜感谢!
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S-Loser

新虫 (正式写手)

2楼2019-04-03 19:12:49
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凌枫霜叶

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by S-Loser at 2019-04-03 19:12:49
你是怎么转的data啊

用的OpenBabel,,请问你用什么软件转格式?需要手动在data文件里修改电荷信息吗?
3楼2019-04-05 01:59:40
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S-Loser

新虫 (正式写手)

我用的VMD,转出来没有键角信息,电荷的话,我不知道

发自小木虫Android客户端
4楼2019-04-05 09:12:16
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