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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2025级博士研究生招生报考通知
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牛很牛

新虫 (小有名气)

[交流] 水分子模拟已有5人参与

我现在在做水分子的模拟,但是现在设置初始温度为150,初始速度为400,但是运行不几步之后,水分子的温度就为零了,然后整个系统中的分子都是在非常缓慢的移动,几乎都不动。不知道问题所在,求大神指点

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牛很牛

新虫 (小有名气)

###########initial setting ###########
#fix    fixshake1 suan shake 0.0001 5 0 b 1 2 3 4 a 1 2 3  #这一行有问题,要问
fix 10 suan rigid molecule
velocity all  create 400 49284
timestep     1.0

###############  compute  #############
compute 1 Na  temp
compute 2 Cl  temp
compute 3 suan temp
compute 4 water temp
compute 5 all pe
compute ake all ke

compute energy all group/group suan

thermo_style  custom step temp c_1 c_2 c_3
thermo       1000
thermo_modify temp 1

fix      1  all      nvt temp 300.0 300.0 100.0
fix  rec all recenter INIT INIT INIT

dump     1   all custom   1000 ch0110.water id type x y z

run 1000000

write_data restart.water
6楼2019-03-20 10:08:25
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王精英

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
也不知道用的什么软件

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DFT计算
2楼2019-03-20 09:53:57
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arsennnic

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
几乎不动的话就说明速度为0了呀,当分子速度为0时统计出的温度也就是0了。建议你把代码贴出来看看。

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3楼2019-03-20 10:04:38
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牛很牛

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 王精英 at 2019-03-20 09:53:57
也不知道用的什么软件

lammps
4楼2019-03-20 10:06:18
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