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虚拟？现实

新虫 (初入文坛)

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[交流] phonopy安装步骤已有4人参与

phonopy安装：
参考：http://muchong.com/html/201611/10848643_2.html
第一步：准备文件
1、python-3.6  (https://www.python.org/downloads/source/)
2、numpy-1.11.2  (http://www.scipy.org/scipylib/download.html)
3、lxml-3.6.4  (http://lxml.de/)
4.matplotlib1.3.1(https://sourceforge.net/projects ... b/matplotlib-1.3.1/ )
5、PyYAML-3.12  (http://pyyaml.org/)
6、phonopy-1.11.0 (https://sourceforge.net/projects/phonopy/)
第二步：安装Python-3.6.0b3.tar.xz
       tar xvf Python-3.6.0b3.tar.xz
       cd Python-3.6
       ./configure --prefix= /home/…/phonopy/Python-3.6/build
（在python解压目录事先新建build目录，省略部分根据每个人电脑而定）
make
make install
设置环境变量
vi  ~/.bashrc
在.bashrc文件末尾加入：
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:注意这是python解压路径（以下同理）/build/lib
export PATH=$PATH:/home/…/phonopy/Python-3.6/build/bin
export PATH=/home/…/phonopy/Python-3.6:$PATH
       source  ~/.bashrc
测试
命令行输入python3.6（不一定是python3.6, 也可以是python），若成功会出现（避免和系统自带/usr/bin混淆）
Python 3.6.0b3 (default, Nov  6 2016, 02:12:05)
[GCC 4.9.3] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>>（以后出现&quot都代表“”，换成引号）
第三步：安装numpy-1.11.2.tar.gz
tar xzvf numpy-1.11.2.tar.gz
cd numpy-1.11.2
cp site.cfg.example site.cfg
vi site.cfg：
修改以下文件中如下所示部分：
# [mkl]
# library_dirs = /opt/intel/mkl/10.0.1.014/lib/32/
# lapack_libs = mkl_lapack
# mkl_libs = mkl, guide
注意：mkl前面的注释一定要去掉，此外，左端不能留空格。
修改为如下所示（根据实际情况修改）：
[mkl]
library_dirs = /opt/intel/composer_xe_2015/mkl/lib/intel64（找到intel编译器安装位置： /../intel/composer_xe_2015/mkl/lib/intel64，以下同理，我的是2015版本）
include_dirs = /../opt/intel/composer_xe_2015/mkl/include
以下两行不用修改：
lapack_libs = mkl_lapack95_lp64

mkl_libs=mkl_def,mkl_intel_lp64,mkl_intel_thread,mkl_core,guide,iomp5
（最后一行逗号为英文输入法下面的）
       python3.6 setup.py build --help-fcompiler  查看下可用的编译器，结果发现--fcompiler=intelem可用
       python3.6 setup.py build --fcompiler=intelem
    python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/pymodule  (--home 是可以自己选择安装目录，=后的路径即是所要安装的目录，以下五个包的安装目录都可以自己选择，)
（pymodule是自己在python解压目录下新建的numpy安装目录）
       vi  ~/.bashrc 添加下面内容：
PYTHONPATH=”${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/pymodule/lib/python”;(找到numpy对应的安装目录下的/lib/python，以下同理,比如我选择的安装目录：
   (/workfs/cac/zhangchao/soft/phonopy/numpy1.5.1/lib/python)
（这段命令：
${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/pymodule/lib/python写进引号里，后加不加；都行）

export PYTHONPATH

export PATH=/home/…/phonopy/Python-3.6/pymodule/bin:$PATH

export PYTHONPATH=/home/…/phonopy/Python3.6/pymodule/lib/python
       source  ~/.bashrc
让python知道到哪里去找模块
       测试python是否能够调用numpy：
       cd .. (退出 numpy的目录之后再测试numpy）
这一步一定要做，不然会出错， ImportError: Error importing numpy.
       输入：python3.6 进入python界面
import numpy  (以下的安装都是这样测试)
执行 numpy 看是否出错

Python 3.2.3 (default, Mar 16 2019, 17:11:51)
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-18)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import numpy
>>>

出现以上情况即是成功了。

第四步：安装lxml-3.6.4.tgz
       tar xzvf lxml-3.6.4.tgz
       cd lxml-3.6.4
       vi  ~/.bashrc 添加下面内容：
PYTHONPATH=”;${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/lxml/lib/python&quot”
（lxml是自己在python解压目录下新建的lxml安装目录）
       source  ~/.bashrc
       python3.6 setup.py install --home=选择的lxml的安装目录

第五步：安装matplotlib-1.5.0.tar.gz
       tar xzvf matplotlib-1.5.0.tar.gz
       cd matplotlib-1.5.0
       vi  ~/.bashrc 添加下面内容：
PYTHONPATH=” ${PYTHONPATH}:/../matplotlib /lib/python&quot”
（matplotlib是matplotlib安装目录）
       source  ~/.bashrc
       python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/ matplotlib
这一步容易出问题，可能需要很多组件，比如distribution，h5py，setuptools等，根据你出错的内容自己添加必要的组件，一般直接百度相关的组件下载就行，安装方式一样，解压后使用命令：python（根据你安装的能调出python的命令，我的是python，我参考的网站是python3.6，以上及以下的出现python3.6都是这种情况） setup.py install就行
可参考：https://blog.csdn.net/dream_it_life/article/details/78780820，当然可能不止这些组件，自己搜素。
第六步：安装PyYAML-3.12.tar.gz
       tar xzvf PyYAML-3.12.tar.gz
       cd PyYAML-3.12
       vi  ~/.bashrc 添加下面内容：
PYTHONPATH=”${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/pyyaml/lib
/python&quot”
（pyyaml是自己在python解压目录下新建的pyyaml安装目录）
       source  ~/.bashrc
       python3.6 setup.py test
       python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/pyyaml
这一步的测试不是import pyyaml 而是：--home=后的安装目录/lib/python 之后出现的文件名（其他的也是这样），我的是yaml。
所以使用的命令是：import yaml

第七步：安装phonopy-1.11.0.tar.gz
       tar xzvf phonopy-1.11.0.tar.gz
       cd phonopy-1.11.0
       python3.6 setup.py install
       把/home/…/phonopy/phonopy-1.11.0/build/scripts-3.6的phonopy（这个是解压目录）拷贝到usr/bin（这个是安装路径下的/bin，我的是/workfs/cac/zhangchao/soft/phonopy/Phonopy/bin）
测试：
在安装目录的bin下运行phonopy(我的是/workfs/cac/zhangchao/soft/phonopy/Phonopy/bin)
命令是： ./phonopy
出现以下情况即是成功
   _
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                                    1.11.2

Crystal structure file of POSCAR (default file name) could not be found.
  ___ _ __ _ __ ___  _ __
/ _ \ '__| '__/ _ \| '__|
|  __/ |  | | | (_) | |
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