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phonopy安装步骤 已有4人参与
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phonopy安装： 参考：http://muchong.com/html/201611/10848643_2.html 第一步：准备文件 1、python-3.6 (https://www.python.org/downloads/source/) 2、numpy-1.11.2 (http://www.scipy.org/scipylib/download.html) 3、lxml-3.6.4 (http://lxml.de/) 4.matplotlib1.3.1(https://sourceforge.net/projects ... b/matplotlib-1.3.1/ ) 5、PyYAML-3.12 (http://pyyaml.org/) 6、phonopy-1.11.0 (https://sourceforge.net/projects/phonopy/) 第二步：安装Python-3.6.0b3.tar.xz tar xvf Python-3.6.0b3.tar.xz cd Python-3.6 ./configure --prefix= /home/…/phonopy/Python-3.6/build （在python解压目录事先新建build目录，省略部分根据每个人电脑而定） make make install 设置环境变量 vi ~/.bashrc 在.bashrc文件末尾加入： export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:注意这是python解压路径（以下同理）/build/lib export PATH=$PATH:/home/…/phonopy/Python-3.6/build/bin export PATH=/home/…/phonopy/Python-3.6:$PATH source ~/.bashrc 测试 命令行输入python3.6（不一定是python3.6, 也可以是python），若成功会出现（避免和系统自带/usr/bin混淆） Python 3.6.0b3 (default, Nov 6 2016, 02:12:05) [GCC 4.9.3] on linux Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. >>>（以后出现"都代表“”，换成引号） 第三步：安装numpy-1.11.2.tar.gz tar xzvf numpy-1.11.2.tar.gz cd numpy-1.11.2 cp site.cfg.example site.cfg vi site.cfg： 修改以下文件中如下所示部分： # [mkl] # library_dirs = /opt/intel/mkl/10.0.1.014/lib/32/ # lapack_libs = mkl_lapack # mkl_libs = mkl, guide 注意：mkl前面的注释一定要去掉，此外，左端不能留空格。 修改为如下所示（根据实际情况修改）： [mkl] library_dirs = /opt/intel/composer_xe_2015/mkl/lib/intel64（找到intel编译器安装位置： /../intel/composer_xe_2015/mkl/lib/intel64，以下同理，我的是2015版本） include_dirs = /../opt/intel/composer_xe_2015/mkl/include 以下两行不用修改： lapack_libs = mkl_lapack95_lp64 mkl_libs=mkl_def,mkl_intel_lp64,mkl_intel_thread,mkl_core,guide,iomp5 （最后一行逗号为英文输入法下面的） python3.6 setup.py build --help-fcompiler 查看下可用的编译器，结果发现--fcompiler=intelem可用 python3.6 setup.py build --fcompiler=intelem python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/pymodule (--home 是可以自己选择安装目录，=后的路径即是所要安装的目录，以下五个包的安装目录都可以自己选择，) （pymodule是自己在python解压目录下新建的numpy安装目录） vi ~/.bashrc 添加下面内容： PYTHONPATH=”${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/pymodule/lib/python”;(找到numpy对应的安装目录下的/lib/python，以下同理,比如我选择的安装目录： (/workfs/cac/zhangchao/soft/phonopy/numpy1.5.1/lib/python) （这段命令： ${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/pymodule/lib/python写进引号里，后加不加；都行） export PYTHONPATH export PATH=/home/…/phonopy/Python-3.6/pymodule/bin:$PATH export PYTHONPATH=/home/…/phonopy/Python3.6/pymodule/lib/python source ~/.bashrc 让python知道到哪里去找模块 测试python是否能够调用numpy： cd .. (退出 numpy的目录之后再测试numpy） 这一步一定要做，不然会出错， ImportError: Error importing numpy. 输入：python3.6 进入python界面 import numpy (以下的安装都是这样测试) 执行 numpy 看是否出错 Python 3.2.3 (default, Mar 16 2019, 17:11:51) [GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-18)] on linux2 Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. >>> import numpy >>> 出现以上情况即是成功了。 第四步：安装lxml-3.6.4.tgz tar xzvf lxml-3.6.4.tgz cd lxml-3.6.4 vi ~/.bashrc 添加下面内容： PYTHONPATH=”;${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/lxml/lib/python"” （lxml是自己在python解压目录下新建的lxml安装目录） source ~/.bashrc python3.6 setup.py install --home=选择的lxml的安装目录 第五步：安装matplotlib-1.5.0.tar.gz tar xzvf matplotlib-1.5.0.tar.gz cd matplotlib-1.5.0 vi ~/.bashrc 添加下面内容： PYTHONPATH=” ${PYTHONPATH}:/../matplotlib /lib/python"” （matplotlib是matplotlib安装目录） source ~/.bashrc python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/ matplotlib 这一步容易出问题，可能需要很多组件，比如distribution，h5py，setuptools等，根据你出错的内容自己添加必要的组件，一般直接百度相关的组件下载就行，安装方式一样，解压后使用命令：python（根据你安装的能调出python的命令，我的是python，我参考的网站是python3.6，以上及以下的出现python3.6都是这种情况） setup.py install就行 可参考：https://blog.csdn.net/dream_it_life/article/details/78780820，当然可能不止这些组件，自己搜素。 第六步：安装PyYAML-3.12.tar.gz tar xzvf PyYAML-3.12.tar.gz cd PyYAML-3.12 vi ~/.bashrc 添加下面内容： PYTHONPATH=”${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/pyyaml/lib /python"” （pyyaml是自己在python解压目录下新建的pyyaml安装目录） source ~/.bashrc python3.6 setup.py test python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/pyyaml 这一步的测试不是import pyyaml 而是：--home=后的安装目录/lib/python 之后出现的文件名（其他的也是这样），我的是yaml。 所以使用的命令是：import yaml 第七步：安装phonopy-1.11.0.tar.gz tar xzvf phonopy-1.11.0.tar.gz cd phonopy-1.11.0 python3.6 setup.py install 把/home/…/phonopy/phonopy-1.11.0/build/scripts-3.6的phonopy（这个是解压目录）拷贝到usr/bin（这个是安装路径下的/bin，我的是/workfs/cac/zhangchao/soft/phonopy/Phonopy/bin） 测试： 在安装目录的bin下运行phonopy(我的是/workfs/cac/zhangchao/soft/phonopy/Phonopy/bin) 命令是： ./phonopy 出现以下情况即是成功 _ _ __ | |__ ___ _ __ ___ _ __ _ _ | '_ \| '_ \ / _ \| '_ \ / _ \ | '_ \| | | | | |_) | | | | (_) | | | | (_) || |_) | |_| | | .__/|_| |_|\___/|_| |_|\___(_) .__/ \__, | |_| |_| |___/ 1.11.2 Crystal structure file of POSCAR (default file name) could not be found. ___ _ __ _ __ ___ _ __ / _ \ '__| '__/ _ \| '__| | __/ | | | | (_) | | \___|_| |_| \___/|_| |
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未岸亡灵
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