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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】求助~~MD模拟的MIN功能应用
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lizhaozhang

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】求助~~MD模拟的MIN功能应用

初学MS，望大虫指点~~~在模拟有机物和金属氧化物的作用时，单分子有机物（SDS）优化后复制到金属氧化物中的初始位置怎么定位？不同位置MD后的结果不一样~~MD后，SDS跑出了氧化物的晶格外面也？

[ Last edited by aylayl08 on 2010-4-21 at 09:36 ]
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1楼 2009-05-11 10:58:49
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qasd

木虫 (著名写手)
图1没有计算，应该是出错了
图2计算正常，但是700步还在线性下降不太正常
这个应该是固定金属氧化物做动力学的，初始minimize固定氧化物做SDS的minimize就行了
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7楼2009-05-13 15:27:04
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archhector

★
wuli8(金币+1,VIP+0):O(∩_∩)O谢谢 5-11 21:34
随便选个初始位置，然后选中你的SDS，Alt+Shift+右键移动它的位置，直到你满意。
做了MD以后跑到哪儿都是可以理解的
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2楼2009-05-11 11:03:59
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chenaihua

银虫 (小有名气)
★
wuli8(金币+1,VIP+0):O(∩_∩)O谢谢 5-11 21:34
看看你建立的晶胞的周期性，对称性等
移动位置也可以用工具里面的向左向右各个方向的按钮来移动院子和分子的位置
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3楼2009-05-11 11:31:13
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qasd

木虫 (著名写手)
★
wuli8(金币+1,VIP+0):O(∩_∩)O谢谢 5-11 21:35
结果不一样和计算时间有关
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4楼2009-05-11 11:41:14
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