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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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lizhaozhang

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】求助~~MD模拟的MIN功能应用

初学MS，望大虫指点~~~在模拟有机物和金属氧化物的作用时，单分子有机物（SDS）优化后复制到金属氧化物中的初始位置怎么定位？不同位置MD后的结果不一样~~MD后，SDS跑出了氧化物的晶格外面也？

[ Last edited by aylayl08 on 2010-4-21 at 09:36 ]
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1楼 2009-05-11 10:58:49
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archhector

★
wuli8(金币+1,VIP+0):O(∩_∩)O谢谢 5-11 21:34
随便选个初始位置，然后选中你的SDS，Alt+Shift+右键移动它的位置，直到你满意。
做了MD以后跑到哪儿都是可以理解的
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2楼2009-05-11 11:03:59
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chenaihua

银虫 (小有名气)
★
wuli8(金币+1,VIP+0):O(∩_∩)O谢谢 5-11 21:34
看看你建立的晶胞的周期性，对称性等
移动位置也可以用工具里面的向左向右各个方向的按钮来移动院子和分子的位置
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3楼2009-05-11 11:31:13
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qasd

木虫 (著名写手)
★
wuli8(金币+1,VIP+0):O(∩_∩)O谢谢 5-11 21:35
结果不一样和计算时间有关
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4楼2009-05-11 11:41:14
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lizhaozhang

银虫 (正式写手)

谢谢

引用回帖:
Originally posted by qasd at 2009-5-11 11:41:
结果不一样和计算时间有关

谢谢指点。。。
还有一个问题，SDS画出结构后，进行自动加氢后调整结构，再利用discovery的Min计算优化结构，能量曲线总是只有纵坐标上的一个点！这是什么原因，该怎么解决？在金属有机物能量优化时候也出现过这个现象，主要原因是？
迫切希望得到指导！
谢谢大家！
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5楼2009-05-12 22:07:59
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lizhaozhang

银虫 (正式写手)

能量优化后的曲线

附近是MS中discoveryMIN之后能量曲线图，这是什么原因？有时候根本就不显示有图，有时候有图，但如图一样是一点。。。
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6楼2009-05-13 15:16:08
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qasd

木虫 (著名写手)
图1没有计算，应该是出错了
图2计算正常，但是700步还在线性下降不太正常
这个应该是固定金属氧化物做动力学的，初始minimize固定氧化物做SDS的minimize就行了
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7楼2009-05-13 15:27:04
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lizhaozhang

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2009-5-13 15:27:
图1没有计算，应该是出错了
图2计算正常，但是700步还在线性下降不太正常
这个应该是固定金属氧化物做动力学的，初始minimize固定氧化物做SDS的minimize就行了

我就在一个3D中，直接画sds结构后，优化，没有加入金属氧化物，打算先单独优化后再复制到优化后的金属表面。。这样行嘛？
有时候根本没有能量曲线，有时候就是和图一一样只有一个点。。出错的原因是什么啊？谢谢

[ Last edited by lizhaozhang on 2009-5-13 at 15:32 ]
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8楼2009-05-13 15:30:57
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qasd

木虫 (著名写手)
可以，如果没有能量曲线，把计算的out文件发出来
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9楼2009-05-13 17:13:15
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lizhaozhang

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2009-5-13 17:13:
可以，如果没有能量曲线，把计算的out文件发出来

好的。。。
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10楼2009-05-13 18:04:21
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