应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】求助~~MD模拟的MIN功能应用
111/2返回列表12下一页
查看: 669  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

lizhaozhang

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】求助~~MD模拟的MIN功能应用

初学MS，望大虫指点~~~在模拟有机物和金属氧化物的作用时，单分子有机物（SDS）优化后复制到金属氧化物中的初始位置怎么定位？不同位置MD后的结果不一样~~MD后，SDS跑出了氧化物的晶格外面也？

[ Last edited by aylayl08 on 2010-4-21 at 09:36 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2009-05-11 10:58:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

archhector

★
wuli8(金币+1,VIP+0):O(∩_∩)O谢谢 5-11 21:34
随便选个初始位置，然后选中你的SDS，Alt+Shift+右键移动它的位置，直到你满意。
做了MD以后跑到哪儿都是可以理解的
赞一下(10人) 回复此楼
2楼2009-05-11 11:03:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenaihua

银虫 (小有名气)
★
wuli8(金币+1,VIP+0):O(∩_∩)O谢谢 5-11 21:34
看看你建立的晶胞的周期性，对称性等
移动位置也可以用工具里面的向左向右各个方向的按钮来移动院子和分子的位置
赞一下(10人) 回复此楼
3楼2009-05-11 11:31:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qasd

木虫 (著名写手)
★
wuli8(金币+1,VIP+0):O(∩_∩)O谢谢 5-11 21:35
结果不一样和计算时间有关
赞一下(10人) 回复此楼
4楼2009-05-11 11:41:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lizhaozhang

银虫 (正式写手)

谢谢

引用回帖:
Originally posted by qasd at 2009-5-11 11:41:
结果不一样和计算时间有关

谢谢指点。。。
还有一个问题，SDS画出结构后，进行自动加氢后调整结构，再利用discovery的Min计算优化结构，能量曲线总是只有纵坐标上的一个点！这是什么原因，该怎么解决？在金属有机物能量优化时候也出现过这个现象，主要原因是？
迫切希望得到指导！
谢谢大家！
赞一下 回复此楼
5楼2009-05-12 22:07:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lizhaozhang

银虫 (正式写手)

能量优化后的曲线

附近是MS中discoveryMIN之后能量曲线图，这是什么原因？有时候根本就不显示有图，有时候有图，但如图一样是一点。。。
赞一下 回复此楼
6楼2009-05-13 15:16:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qasd

木虫 (著名写手)
图1没有计算，应该是出错了
图2计算正常，但是700步还在线性下降不太正常
这个应该是固定金属氧化物做动力学的，初始minimize固定氧化物做SDS的minimize就行了
赞一下 回复此楼
7楼2009-05-13 15:27:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lizhaozhang

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2009-5-13 15:27:
图1没有计算，应该是出错了
图2计算正常，但是700步还在线性下降不太正常
这个应该是固定金属氧化物做动力学的，初始minimize固定氧化物做SDS的minimize就行了

我就在一个3D中，直接画sds结构后，优化，没有加入金属氧化物，打算先单独优化后再复制到优化后的金属表面。。这样行嘛？
有时候根本没有能量曲线，有时候就是和图一一样只有一个点。。出错的原因是什么啊？谢谢

[ Last edited by lizhaozhang on 2009-5-13 at 15:32 ]
赞一下 回复此楼
8楼2009-05-13 15:30:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qasd

木虫 (著名写手)
可以，如果没有能量曲线，把计算的out文件发出来
赞一下 回复此楼
9楼2009-05-13 17:13:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lizhaozhang

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2009-5-13 17:13:
可以，如果没有能量曲线，把计算的out文件发出来

好的。。。
赞一下 回复此楼
10楼2009-05-13 18:04:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lizhaozhang 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上提前没消息，有中的吗 +10 archvillain 2026-08-02 12/600 2026-08-02 18:46 by hitlend
[找工作] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 AS6fX1tr1on4 2026-08-02 4/200 2026-08-02 18:41 by ca3DVAx4OB19
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 AS6fX1tr1on4 2026-08-02 9/450 2026-08-02 18:27 by ca3DVAx4OB19
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 AS6fX1tr1on4 2026-08-02 8/400 2026-08-02 18:24 by ca3DVAx4OB19
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 AS6fX1tr1on4 2026-08-02 10/500 2026-08-02 18:18 by ca3DVAx4OB19
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 AS6fX1tr1on4 2026-08-02 13/650 2026-08-02 18:14 by ca3DVAx4OB19
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 AS6fX1tr1on4 2026-08-02 12/600 2026-08-02 18:14 by ca3DVAx4OB19
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 16/800 2026-08-02 18:12 by ca3DVAx4OB19
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 14/700 2026-08-02 18:11 by ca3DVAx4OB19
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 20/1000 2026-08-02 18:03 by ca3DVAx4OB19
[基金申请] 准备明年的基金了 +7 Tide man 2026-07-27 7/350 2026-08-02 16:43 by gltch
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 15/750 2026-08-02 16:23 by jHcrHMhbKCFV
[基金申请] 面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！ +18 低垂的野花 2026-07-31 24/1200 2026-08-02 16:03 by swallowwh
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 16/800 2026-08-02 13:34 by jHcrHMhbKCFV
[考博] 2027年申博 50+3 射雕英雄胜 2026-07-30 3/150 2026-08-02 09:36 by lfy8008
[有机交流] 一个有机合成实验室都需要哪些设备？ 50+3 kf2781974 2026-07-31 7/350 2026-08-02 07:59 by 88817753
[基金申请] 微信指数没变化，科研之友没阅读 +14 wangze12014 2026-07-28 18/900 2026-07-31 18:35 by lzchaihuo
[高分子] HXDI做水性聚氨酯乳液，是不是特别容易出渣 15+3 yuyusuv 2026-07-29 3/150 2026-07-31 09:21 by huizingga
[基金申请] 系统今天又提示维护了，估计离放榜不远了 +11 winnerche 2026-07-29 15/750 2026-07-30 23:08 by jnhyjjm
[基金申请] 同事接到电话了，我却没有 +4 1234567wang 2026-07-27 4/200 2026-07-28 10:11 by GOODLUCKER
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭