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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » NCBI上怎么找到相似度很低的序列
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ETY

新虫 (小有名气)

[交流] NCBI上怎么找到相似度很低的序列

我每次blast出来 相似度最低99%以上，怎么可以找到60%的呀 求各位大神，帮帮忙

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1楼 2019-02-27 21:02:39
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xn8008

至尊木虫 (知名作家)

Balance Angel
★
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为什么你要相似度很低的

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2楼2019-02-27 22:19:29
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ETY

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xn8008 at 2019-02-27 22:19:29
为什么你要相似度很低的

我其实想找相似度94%以上的 但是BLAST出来都是99%以上的，结果发育树图bootstrap值很低，就是想提高这个值

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3楼2019-02-28 15:09:39
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xn8008

至尊木虫 (知名作家)

Balance Angel
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小冀-: 金币+2, 鼓励回帖交流 2019-03-01 13:17:24
引用回帖:
3楼: Originally posted by ETY at 2019-02-28 15:09:39
我其实想找相似度94%以上的 但是BLAST出来都是99%以上的，结果发育树图bootstrap值很低，就是想提高这个值
...

那说明你找的这个family保守性很高

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4楼2019-02-28 15:40:16
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xn8008

至尊木虫 (知名作家)

Balance Angel
引用回帖:
3楼: Originally posted by ETY at 2019-02-28 15:09:39
我其实想找相似度94%以上的 但是BLAST出来都是99%以上的，结果发育树图bootstrap值很低，就是想提高这个值
...

那说明你找的这个family保守性很高

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5楼2019-02-28 15:40:19
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ETY

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xn8008 at 2019-02-28 15:40:16
那说明你找的这个family保守性很高
...

是的，这样的花，建树bootstrap值很低，不知道怎么办

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6楼2019-02-28 21:31:32
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xn8008

至尊木虫 (知名作家)

Balance Angel
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6楼: Originally posted by ETY at 2019-02-28 21:31:32
是的，这样的花，建树bootstrap值很低，不知道怎么办
...

你做的是strain还是sub-strain

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7楼2019-02-28 22:19:12
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ETY

新虫 (小有名气)
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7楼: Originally posted by xn8008 at 2019-02-28 22:19:12
你做的是strain还是sub-strain
...

strain

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8楼2019-03-01 11:16:27
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xn8008

至尊木虫 (知名作家)

Balance Angel
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8楼: Originally posted by ETY at 2019-03-01 11:16:27
strain
...

那我考虑你这个蛋白的保守型太高了，即便在genera，甚至family也不会有太多差异
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9楼2019-03-01 21:18:23
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ETY

新虫 (小有名气)
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9楼: Originally posted by xn8008 at 2019-03-01 21:18:23
那我考虑你这个蛋白的保守型太高了，即便在genera，甚至family也不会有太多差异...

好滴，谢谢了

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10楼2019-03-06 09:18:07
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