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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】请问一下溶剂化后蛋白质结构的变化问题.
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xmgign

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请问一下溶剂化后蛋白质结构的变化问题.

在溶剂化之后重新进行分子动力学模拟.
原来有19个a螺旋,12个B折叠.
溶剂化之后有16个a螺旋,9个B折叠.

请问一下这是什么原因啊?
我查不到相关文献.

另外请问一下是溶剂化之前的结果准还是之后的结果准?

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:37 ]
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1楼 2009-05-10 14:20:08
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 5-11 17:39
你是用PDB中的下载的晶体结构跑的模拟吗？a螺旋与B折叠是相对的结构保守区，不应该出现过大的变化，否则可以认为是动力学的问题。个人看法
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2009-05-10 22:42:28
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xmgign

银虫 (小有名气)
是PDB中下载的模板.
动力学?
能说的具体些吗? 谢谢
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3楼2009-05-11 01:02:40
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rednana

新虫 (初入文坛)

请教

大家好，我想问一下怎样从PDB中下载模版呢
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4楼2009-05-11 08:03:12
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xmgign

银虫 (小有名气)
http://www.rcsb.org/pdb

郁闷,有人帮我解答一下问题吗?....
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5楼2009-05-11 08:26:05
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